この省令は、令和六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第四十六条の改正規定、第四十七条第三項の改正規定、第四十八条第一項第四号の改正規定、第九十三条第一項の改正規定、第九十四条の二第一項の改正規定、第百条第一項の改正規定、別表第六（一）の改正規定（同表の備考２（１７）（チ）及び（リ）に係る部分を除く。）及び別表第六（三）の改正規定並びに附則第五条、第六条、第八条及び第十条の規定 令和六年六月一日 第七条第二項の改正規定 令和六年十二月二日 第百四条（見出しを含む。）の改正規定 令和八年九月一日 第十六条第二項第一号の改正規定、第十六条の二第一項第一号の改正規定、第九十六条第一項第七号ハの改正規定及び別表第七（一）の表の備考２（９）ヘ（ｉｉｉ）の改正規定並びに附則第七条並びに第九条第二項及び第四項の規定 公益信託に関する法律（令和六年法律第 号）の施行の日 第七十七条の四第七項の改正規定 情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第十六号）附則第一条第十号に掲げる規定の施行の日
第四十六条の改正規定、第四十七条第三項の改正規定、第四十八条第一項第四号の改正規定、第九十三条第一項の改正規定、第九十四条の二第一項の改正規定、第百条第一項の改正規定、別表第六（一）の改正規定（同表の備考２（１７）（チ）及び（リ）に係る部分を除く。）及び別表第六（三）の改正規定並びに附則第五条、第六条、第八条及び第十条の規定 令和六年六月一日
第七条第二項の改正規定 令和六年十二月二日
第百四条（見出しを含む。）の改正規定 令和八年九月一日
第十六条第二項第一号の改正規定、第十六条の二第一項第一号の改正規定、第九十六条第一項第七号ハの改正規定及び別表第七（一）の表の備考２（９）ヘ（ｉｉｉ）の改正規定並びに附則第七条並びに第九条第二項及び第四項の規定 公益信託に関する法律（令和六年法律第 号）の施行の日
第七十七条の四第七項の改正規定 情報通信技術の活用による行政手続等に係る関係者の利便性の向上並びに行政運営の簡素化及び効率化を図るための行政手続等における情報通信の技術の利用に関する法律等の一部を改正する法律（令和元年法律第十六号）附則第一条第十号に掲げる規定の施行の日
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）第三条の二第三項（第一号に係る部分に限る。）の規定は、令和六年分以後の所得税について適用し、令和五年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新規則第十六条の二（第一項第四号に係る部分に限る。）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に提出する所得税法第十一条第三項の申告書について適用し、施行日前に提出した所得税法等の一部を改正する法律（令和六年法律第八号。以下「改正法」という。）第一条の規定による改正前の所得税法第十一条第三項の申告書については、なお従前の例による。
新規則第九十二条の三第二項（所得税法施行規則第七十二条の四第十項及び第七十二条の六第十項並びに租税特別措置法施行規則（昭和三十二年大蔵省令第十五号）第五条の四の二第十一項、第五条の四の三第八項、第五条の四の四第九項及び第五条の四の五第八項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、新規則第九十二条の三第二項に規定する支払をする者、所得税法施行規則第七十二条の四第十項に規定する内国法人、同令第七十二条の六第十項に規定する外国法人、租税特別措置法施行規則第五条の四の二第十一項に規定する特定目的会社、同令第五条の四の三第八項に規定する投資法人又は同令第五条の四の四第九項若しくは第五条の四の五第八項に規定する受託法人が施行日以後に行う新規則第九十二条の三第二項に規定する通知について適用する。
新規則第九十三条第一項の規定及び新規則別表第六（一）に定める書式は、令和六年以後に支払うべき同年以後に支払の確定した所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等でその最後に支払をする日が同年六月一日以後であるものについて適用し、同年以前に支払うべき同年以前に支払の確定した同項に規定する給与等でその最後に支払をする日が同年六月一日前であるものについては、なお従前の例による。
前項に規定する書式は、当分の間、改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）の相当の規定に定める源泉徴収票に、新規則別表第六（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
新規則第九十四条の二第一項の規定及び新規則別表第六（三）に定める書式は、令和六年六月一日以後に支払う所得税法第三十五条第三項に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払う同項に規定する公的年金等については、なお従前の例による。
前項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める源泉徴収票に、新規則別表第六（三）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
改正法附則第三条第一項の規定の適用がある場合における新規則第九十六条の規定の適用については、同条第一項第七号ハ中「規定する公益信託」とあるのは「規定する公益信託若しくは所得税法等の一部を改正する法律（令和六年法律第八号）附則第三条第一項（寄附金控除に関する経過措置）に規定する特定公益信託」と、「当該公益信託」とあるのは「当該公益信託又は特定公益信託」とする。
新規則第百条第一項の規定は、令和六年六月一日以後に支払う所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等について適用し、同日前に支払う同項に規定する給与等については、なお従前の例による。
新規則別表第三（五）、別表第四（二）、別表第五（三）及び別表第五（八）に定める書式は、施行日以後に所得税法第二百二十条、第二百二十四条第二項及び第二百二十五条第一項の規定により添付し、又は提出するこれらの規定に規定する計算書、告知書及び調書について適用し、施行日前にこれらの規定により添付し、又は提出したこれらの規定に規定する計算書、告知書及び調書については、なお従前の例による。
新規則別表第七（一）に定める書式は、附則第一条第四号に定める日以後に所得税法第二百二十七条の規定により提出する同条に規定する計算書について適用し、同日前に同条の規定により提出した同条に規定する計算書については、なお従前の例による。
前二項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める計算書、告知書又は調書に、新規則別表第三（五）、別表第四（二）、別表第五（三）、別表第五（八）及び別表第七（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。
改正法附則第三条第一項の規定の適用がある場合において、所得税法第二百二十七条に規定する信託が租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四条の五第一項に規定する特定寄附信託であるときにおける所得税法第二百二十七条に規定する計算書についての新規則別表第七（一）に定める書式の適用については、同表の備考２（９）ヘ（ｉｉｉ）中「規定する公益信託」とあるのは「規定する公益信託若しくは所得税法等の一部を改正する法律（令和６年法律第８号）附則第３条第１項に規定する特定公益信託」と、「当該公益信託」とあるのは「当該公益信託又は特定公益信託」とする。