この省令は、昭和四十九年四月一日から施行する。
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、別段の定めがあるものを除き、昭和四十九年分以後の所得税について適用し、昭和四十八年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新規則第三十六条の三第三項（青色専従者給与に関する届出書の記載事項等）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に同項に規定する青色事業専従者を有することとなつた場合について適用し、同日前に当該青色事業専従者を有することとなつた場合については、なお従前の例による。
新規則第五十五条第四号（青色申告承認申請書の記載事項）の規定は、昭和五十年一月一日以後に所得税法第百四十四条（青色申告の承認の申請）の規定により提出する同条に規定する申請書について適用し、同日前に提出する当該申請書については、なお従前の例による。
昭和四十九年分の所得税につき所得税法及び災害被害者の租税の減免、徴収猶予等に関する法律の一部を改正する法律（昭和四十九年法律第十五号）附則第三条第二項（昭和四十九年分の所得税の所得控除等及び税額の計算に係る特例）の規定により読み替えられた所得税法第八十四条第一項（扶養控除）に規定する二十二万五千円の控除の適用を受ける者（以下「扶養控除額の特例適用者」という。）が同法第百九十四条第一項（給与所得者の扶養控除等申告書）の規定により提出する同項の申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、その適用を受ける旨を記載するものとする。
新規則第八十四条第二項（報酬、料金の支払調書）及び第八十五条第二項（匿名組合契約等の利益の分配の支払調書）の規定は、施行日以後に所得税法第二百二十五条第一項第三号及び第七号（支払調書）の規定により提出する同項の調書について適用し、同日前に提出する当該調書については、なお従前の例による。
新規則第九十三条第一項（給与等の源泉徴収票）の規定及び別表第六の（一）に定める書式は、施行日以後に所得税法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により提出し、若しくは交付する同項の源泉徴収票（以下「源泉徴収票」という。）について適用し、同日前に提出し、又は交付する源泉徴収票については、なお従前の例による。
扶養控除額の特例適用者の昭和四十九年分の所得税に係る源泉徴収票には、新規則第九十三条第一項各号に掲げる事項のほか、扶養控除額の特例適用者である旨を記載するものとする。
新規則第九十七条第二項（名義人受領の配当所得の調書）の規定は、施行日以後に所得税法第二百二十八条（名義人受領の配当所得の調書）の規定により提出する同条の調書について適用し、同日前に提出する当該調書については、なお従前の例による。