この省令は、昭和五十九年四月一日から施行する。
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、別段の定めがあるものを除き、昭和五十九年分以後の所得税について適用し、昭和五十八年分以前の所得税については、なお従前の例による。
昭和五十九年十二月三十一日までに締結された所得税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十九年政令第五十七号）による改正後の所得税法施行令第二百十一条第三号（個人年金保険契約等の対象となる共済に係る契約の範囲）に掲げる契約に係る新規則第四十条の五（個人年金保険契約等の対象となる共済に係る契約の要件の細目）の規定の適用については、同年分及び昭和六十年分の所得税に限り、同条第一項第三号中「次に掲げる要件」とあるのは「イからハまでに掲げる要件」と、「であり、かつ、当該年金共済契約に基づき支払うべき年金（年金の支払開始日から一定の期間内に年金受取人が死亡してもなお年金を支払う旨の定めのある年金共済契約にあつては、当該一定の期間内に支払うべき年金とする。）の一部を一括して支払う旨の定めがないこと」とあるのは「であること」とする。
新規則第七十五条（給与所得者の保険料控除申告書の記載事項）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に所得税法第百九十六条第一項（給与所得者の保険料控除申告書）の規定により提出する同条第三項に規定する給与所得者の保険料控除申告書について適用し、同日前に提出する当該申告書については、なお従前の例による。
新規則第八十四条第二項第一号（報酬、料金等の支払調書）、第八十六条第二項（生命保険金等の支払調書）、第八十七条第二項（損害保険の満期返戻金等の支払調書）、第八十八条第二項（損害保険代理報酬の支払調書）及び第九十条第二項（不動産所得等の支払調書）並びに第九十三条第二項第四号（給与等の源泉徴収票）の規定は、施行日以後に所得税法第二百二十五条第一項（支払調書）又は第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により提出し、又は交付するこれらの規定に規定する調書又は源泉徴収票について適用し、施行日前に提出し、又は交付したこれらの調書又は源泉徴収票については、なお従前の例による。