この省令は、昭和六十四年一月一日から施行する。 ただし、第十六条の二第二号の改正規定、第八十一条の十二の次に五条を加える改正規定、第九十条の次に一条を加える改正規定、第九十一条の改正規定及び別表第五（二十六）の次に一表を加える改正規定並びに附則第五項の規定は、同年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、昭和六十四年分以後の所得税について適用し、昭和六十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
居住者の昭和六十四年から昭和六十八年までの各年分の所得税の額からの控除に係る新規則第四十二条第二項第二号（繰越し又は繰戻しによる外国税額控除を受けるための書類）の規定の適用については、同号中「前三年」とあるのは、「前五年」とする。
新規則第六十三条（帳簿書類の整理保存）及び第百二条（事業所得等に係る取引に関する帳簿の記録の方法及び帳簿書類の保存）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後において閉鎖し、又は作成し、若しくは受領する帳簿及び書類を保存する場合について適用し、施行日前において閉鎖し、又は作成し、若しくは受領した帳簿及び書類を保存する場合については、なお従前の例による。
新規則第九十一条（支払調書の書式）の規定及び新規則別表第五（二十七）に定める書式は、昭和六十四年四月一日以後に所得税法等の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第百九号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第二百二十五条第一項（支払調書）の規定により提出する調書について適用する。
新規則第九十三条第一項（給与等の源泉徴収票）及び第九十四条の二第一項（公的年金等の源泉徴収票）の規定並びに新規則別表第六（一）及び別表第六（三）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十六条第一項及び第三項（源泉徴収票）の規定により提出し、又は交付するこれらの規定に規定する源泉徴収票について適用し、施行日前に提出し、又は交付する改正法による改正前の所得税法第二百二十六条第一項及び第三項（源泉徴収票）に規定する源泉徴収票については、なお従前の例による。
前項に規定する書式は、当分の間、改正前の所得税法施行規則の相当の規定に定める源泉徴収票に新規則別表第六（一）及び別表第六（三）に準じて、記載したものをもつてこれに代えることができる。