この省令は、平成十年四月一日から施行する。 ただし、第六十三条第五項、第百二条第五項及び第百三条第三項の改正規定は、同年七月一日から施行する。
所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百四号。以下この条において「改正令」という。）附則第十二条第一項（特別修繕引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の所得税法施行令第百六十条（特別修繕引当金の対象資産及び特別の修繕の範囲）及び第百六十一条（特別修繕引当金勘定への繰入限度額）の規定の適用については、改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）第三十六条の二（特別修繕引当金の対象資産及び特別の修繕の範囲）及び第三十六条の三（特別修繕引当金勘定への繰入限度額の計算等）の規定並びに附則第四条の規定による改正前の所得税法施行規則の一部を改正する省令（平成八年大蔵省令第十九号）附則第二条の規定は、なおその効力を有する。 この場合において、旧規則第三十六条の二及び第三十六条の三中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
改正後の所得税法施行規則（以下この条において「新規則」という。）別表第三（二）、別表第三（四）、別表第三（五）、別表第五（三）、別表第五（七）、別表第五（九）、別表第五（十五）から別表第五（二十九）まで及び別表第六（一）に定める書式は、この省令の施行の日以後に所得税法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）、第二百二十五条（支払調書及び支払通知書）又は第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により添付し、提出し、又は交付するこれらの規定に規定する計算書、調書、通知書及び源泉徴収票について適用し、同日前に添付し、提出し、又は交付したこれらの計算書、調書、通知書及び源泉徴収票については、なお従前の例による。
前項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める計算書、調書、通知書又は源泉徴収票に新規則別表第三（二）、別表第三（四）、別表第三（五）、別表第五（三）、別表第五（七）、別表第五（九）、別表第五（十五）から別表第五（二十九）まで及び別表第六（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。