この省令は、平成十五年四月一日から施行する。 ただし、目次の改正規定（「公益信託」を「公益信託等」に改める部分を除く。）、第五条の改正規定、第二編第一章第三節第一款の次に一款を加える改正規定、第四十条第二号の改正規定、第五十三条第一項第一号の改正規定、第八十一条の五の改正規定、第八十一条の九の改正規定、第八十一条の十九の改正規定、第八十一条の二十三の改正規定、第九十二条第二項の改正規定、別表第三（一）の改正規定（同表の備考中５を６とし、４を５とし、同表の備考３の次に次のように加える改正規定を除く。）、別表第三（二）の改正規定（同表の備考中「第８条の４第１項」を「第８条の５第１項第５号」に改める部分に限る。）、別表第三（四）の改正規定（同表及び同表の備考中「私募投資信託等」を「公募投資信託等」に改める部分及び「公募投資信託等」を「私募公社債等運用投資信託等」に改める部分に限る。）、別表第五（二十七）の改正規定、別表第八（二）の改正規定並びに附則第三条、第四条第二項及び第四項並びに第五条の規定は、平成十六年一月一日から施行する。
所得税法等の一部を改正する法律（平成十五年法律第八号。以下「改正法」という。）附則第二条第二項（公共法人等及び公益信託等に係る非課税に関する経過措置）の規定の適用がある場合における改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）第十六条の二（公共法人等及び公益信託等に係る非課税申告書の記載事項）の規定の適用については、同条第二号中「又は令第五十条の二各号」とあるのは「、所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十五年政令第百三十号）による改正前の所得税法施行令第五十条の二第一項各号」と、「受益証券」とあるのは「受益証券又は同条第二項に規定する投資口」とする。
新規則第九十二条第二項（オープン型の証券投資信託の収益の分配等の通知書）の規定は、平成十六年一月一日以後に購入をする改正法第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第二百二十五条第二項（支払通知書）に規定する証券投資信託の受益証券に係る収益の分配について交付する同項に規定する通知書について適用し、同日前に購入をした当該証券投資信託の受益証券に係る収益の分配について交付した当該通知書については、なお従前の例による。
別表第三（一）の改正規定（同表の備考中５を６とし、４を５とし、同表の備考３の次に次のように加える改正規定に限る。）、別表第三（二）の改正規定（同表の備考中「第８条の４第１項」を「第８条の５第１項第５号」に改める部分を除く。）及び別表第三（四）の改正規定（同表及び同表の備考中「私募投資信託等」を「公募投資信託等」に改める部分及び「公募投資信託等」を「私募公社債等運用投資信託等」に改める部分を除く。）による新規則別表第三（一）、別表第三（二）及び別表第三（四）に定める書式は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に新法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）の規定により添付する同条に規定する計算書について適用し、施行日前に添付した当該計算書については、なお従前の例による。
別表第三（一）の改正規定（同表の備考中５を６とし、４を５とし、同表の備考３の次に次のように加える改正規定を除く。）、別表第三（二）の改正規定（同表の備考中「第８条の４第１項」を「第８条の５第１項第５号」に改める部分に限る。）及び別表第三（四）の改正規定（同表及び同表の備考中「私募投資信託等」を「公募投資信託等」に改める部分及び「公募投資信託等」を「私募公社債等運用投資信託等」に改める部分に限る。）による新規則別表第三（一）、別表第三（二）及び別表第三（四）に定める書式は、平成十六年一月一日以後に新法第二百二十条の規定により添付する同条に規定する計算書について適用し、同日前に添付した当該計算書については、なお従前の例による。
新規則別表第三（五）、別表第五（四）、別表第五（八）及び別表第六（一）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十条、第二百二十五条第一項（支払調書）及び第二百二十六条第一項（源泉徴収票）の規定により添付し、提出し、又は交付するこれらの規定に規定する計算書、調書及び源泉徴収票について適用し、施行日前に添付し、提出し、又は交付したこれらの計算書、調書及び源泉徴収票については、なお従前の例による。
新規則別表第五（二十七）及び別表第八（二）に定める書式は、平成十六年一月一日以後に新法第二百二十条、第二百二十五条第一項及び第二百二十八条（名義人受領の配当所得等の調書）の規定により添付し、又は提出するこれらの規定に規定する計算書及び調書について適用し、施行日前に添付し、又は提出したこれらの計算書及び調書については、なお従前の例による。
前各項に規定する書式は、当分の間、改正前の所得税法施行規則の相当の規定に定める計算書、調書又は源泉徴収票に、新規則別表第三（一）、別表第三（二）、別表第三（四）、別表第三（五）、別表第五（四）、別表第五（八）、別表第五（二十七）、別表第六（一）及び別表第八（二）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。