この省令は、平成十六年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 目次の改正規定、第三編第二章中第七十二条の前に節名を付する改正規定、第三編第二章中第七十二条の四の次に節名及び二条を加える改正規定（第三編第二章第二節の節名及び第七十二条の五に係る部分に限る。）、第四編中第五章を第六章とし、第四章を第五章とし、第三章の次に一章を加える改正規定並びに別表第四（四）及び別表第五（十六）の改正規定 平成十六年七月一日 第一条の改正規定、第四十七条第十六号の改正規定、第四十七条の四の改正規定、第七十四条第一項第四号の改正規定、第七十七条の二の見出しの改正規定、同条に一項を加える改正規定、第七十七条の三第一号の改正規定、第九十三条第一項第九号の改正規定、第九十四条の二第一項第五号の改正規定、別表第六（一）の改正規定（「、老年者」を削る部分に限る。）及び別表第六（三）の改正規定並びに附則第六条第二項の規定 平成十七年一月一日 第三編第二章中第七十二条の四の次に節名及び二条を加える改正規定（第七十二条の六に係る部分に限る。）、第八十一条の二十七の次に四条を加える改正規定、第八十二条第二項第一号の改正規定、第八十三条第二項第五号の改正規定（「又は」を「若しくは法第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）の規定又は」に改める部分に限る。）、第八十六条第二項第二号の改正規定、第九十条の三の次に一条を加える改正規定、第九十一条の改正規定、第九十七条の三第一項の改正規定、別表第三（一）の改正規定、別表第五（二十八）の次に一表を加える改正規定並びに別表第七の改正規定並びに附則第六条第一項の規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日
目次の改正規定、第三編第二章中第七十二条の前に節名を付する改正規定、第三編第二章中第七十二条の四の次に節名及び二条を加える改正規定（第三編第二章第二節の節名及び第七十二条の五に係る部分に限る。）、第四編中第五章を第六章とし、第四章を第五章とし、第三章の次に一章を加える改正規定並びに別表第四（四）及び別表第五（十六）の改正規定 平成十六年七月一日
第一条の改正規定、第四十七条第十六号の改正規定、第四十七条の四の改正規定、第七十四条第一項第四号の改正規定、第七十七条の二の見出しの改正規定、同条に一項を加える改正規定、第七十七条の三第一号の改正規定、第九十三条第一項第九号の改正規定、第九十四条の二第一項第五号の改正規定、別表第六（一）の改正規定（「、老年者」を削る部分に限る。）及び別表第六（三）の改正規定並びに附則第六条第二項の規定 平成十七年一月一日
第三編第二章中第七十二条の四の次に節名及び二条を加える改正規定（第七十二条の六に係る部分に限る。）、第八十一条の二十七の次に四条を加える改正規定、第八十二条第二項第一号の改正規定、第八十三条第二項第五号の改正規定（「又は」を「若しくは法第百八十条の二第一項（信託財産に係る利子等の課税の特例）の規定又は」に改める部分に限る。）、第八十六条第二項第二号の改正規定、第九十条の三の次に一条を加える改正規定、第九十一条の改正規定、第九十七条の三第一項の改正規定、別表第三（一）の改正規定、別表第五（二十八）の次に一表を加える改正規定並びに別表第七の改正規定並びに附則第六条第一項の規定 信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日
改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）第三条の六第一項（老人等に該当する旨を証する書類の範囲）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に所得税法等の一部を改正する法律（平成十六年法律第十四号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第九条の二第二項（老人等の郵便貯金の利子所得の非課税）又は所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百号。以下「改正令」という。）による改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）第三十条の十二第一項（非課税郵便貯金に関する異動届出書）若しくは第三十条の十四第二項（非課税郵便貯金相続申込書）の規定による告知の際に提示するこれらの規定に規定する書類について適用し、施行日前に改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第九条の二第二項（老人等の郵便貯金の利子所得の非課税）又は改正令による改正前の所得税法施行令（以下「旧令」という。）第三十条の十二第一項（非課税郵便貯金に関する異動届出書）若しくは第三十条の十四第二項（非課税郵便貯金相続申込書）の規定による告知の際に提示したこれらの規定に規定する書類については、なお従前の例による。
改正令附則第五条第二項（寄付金控除の対象となる公益の増進に著しく寄与する法人に対する寄付金等に関する経過措置）に規定する財務省令で定める期間は、施行日から証明書類（同項の民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人が旧令第二百十七条第一項第二号ル（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）に掲げる法人に該当する旨を改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）第四十七条の二第三項第一号ロ（寄付金控除を受けるための書類）の規定により同号ロに規定する主務官庁が証明した書類で施行日前二年以内に発行されたものをいう。）が発行された日以後二年を経過する日（当該二年を経過する日が施行日以後一年を経過する日以前に到来する場合は、当該一年を経過する日）までの期間とする。
改正令附則第五条第二項の規定の適用を受ける寄付金に係る新規則第四十七条の二第三項の規定の適用については、同項第一号ハ中「令第二百十七条第一項第三号に掲げる法人」とあるのは「所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十六年政令第百号）による改正前の所得税法施行令第二百十七条第一項第二号ル（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）に掲げる法人」と、「当該特定寄付金を支出する日以前二年内に発行されたもの」とあるのは「平成十六年四月一日前二年以内に発行されたもの」と、「受けたもので当該書類に記載されている同号の認定の日が当該支出する日以前二年（同号ハに掲げる法人にあつては、五年）内であるもの」とあるのは「受けたもの」とする。
改正令附則第七条第一項第一号（特例年金給付に係る源泉徴収に関する経過措置）に規定する財務省令で定める退職共済年金は、厚生年金保険制度及び農林漁業団体職員共済組合制度の統合を図るための農林漁業団体職員共済組合法等を廃止する等の法律（平成十三年法律第百一号。以下この条において「統合法」という。）第一条（農林漁業団体職員共済組合法等の廃止）の規定による廃止前の農林漁業団体職員共済組合法（昭和三十三年法律第九十九号）附則第七条（退職共済年金の特例）若しくは附則第十三条（特例による退職共済年金の支給開始年齢等の特例）の規定により支給される退職共済年金又は統合法附則第十六条第一項（移行年金給付）の規定によりなおその効力を有するものとされる農林漁業団体職員共済組合法の一部を改正する法律（昭和六十年法律第百七号）附則第十五条第四項（退職共済年金の額の経過的加算）の規定により加算することとされている金額を加算して支給される退職共済年金とする。
新規則第八十一条の六第一項（貯蓄取扱機関等の営業所の長に提示する書類の範囲）（新規則第八十一条の二十第一項（株式等の譲渡の対価の支払者に提示する書類の範囲）及び第八十一条の二十五第一項（交付金銭等の交付者に提示する書類の範囲）において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に新法第二百二十四条第一項（利子、配当、償還金等の受領者の告知）若しくは第二百二十四条の三第一項（株式等の譲渡の対価の受領者の告知）（同条第三項において準用する場合を含む。）の規定による告知又は新法第二百二十四条第二項若しくは第四項若しくは第二百二十四条の二（譲渡性預金の譲渡等に関する告知）の規定による告知書の提出の際に提示する新令第三百三十七条第二項（告知に係る住民票の写しその他の書類の提示等）の書類について適用し、施行日前に旧法第二百二十四条第一項（利子、配当、償還金等の受領者の告知）若しくは第二百二十四条の三第一項（株式等の譲渡の対価の受領者の告知）（同条第三項において準用する場合を含む。）の規定による告知又は旧法第二百二十四条第二項若しくは第四項若しくは第二百二十四条の二（譲渡性預金の譲渡等に関する告知）の規定による告知書の提出の際に提示した旧令第三百三十七条第二項（告知に係る住民票の写しその他の書類の提示等）の書類については、なお従前の例による。
新規則別表第三（一）に定める書式は、附則第一条第三号に定める日以後に新法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）の規定により添付する同条に規定する計算書について適用し、同日前に添付した当該計算書については、なお従前の例による。
新規則第九十四条の二第一項（公的年金等の源泉徴収票）の規定及び新規則別表第六（三）に定める書式は、平成十七年一月一日以後に新法第二百二十六条第三項（源泉徴収票）の規定により提出し、又は交付する同項に規定する源泉徴収票について適用し、同日前に提出し、又は交付した当該源泉徴収票については、なお従前の例による。
前二項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める計算書又は源泉徴収票に、新規則別表第三（一）及び別表第六（三）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。