この省令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分に限る。）及び附則第九条第八項の規定 平成十八年十月一日 第一条第二項の改正規定、第四十条の七（見出しを含む。）の改正規定、第四十七条第十七号の改正規定、第四十七条の二第二項の改正規定、第五十三条第一項第四号の改正規定、同条第二項の改正規定、第七十五条の改正規定、第七十六条第三号の改正規定、第九十三条の改正規定、第九十五条の次に二条を加える改正規定、第百条の改正規定、別表第三（五）の改正規定、別表第五（十二）の改正規定、別表第五（十四）の改正規定及び別表第六（一）の改正規定並びに附則第五条、第六条、第八条並びに第九条第七項及び第九項の規定 平成十九年一月一日 第一条第五項を削る改正規定、第五条第一項の改正規定、第六条第一項第十号の改正規定、第八条の三（見出しを含む。）の改正規定、第十六条第一項の改正規定、第三十五条の二の改正規定、第五十三条第一項第一号の改正規定、第八十一条の四第十号の改正規定、第八十一条の二十五の改正規定、第八十一条の二十六の改正規定、第八十一条の二十七の改正規定、第八十三条の改正規定、第九十条の三の改正規定、第九十二条第一項の改正規定、第九十七条の二の改正規定、第九十七条の三の改正規定、第九十七条の二の次に一条を加える改正規定、第百七条の改正規定（「別表第九」を「別表第九（二）」に改める部分に限る。）、別表第三（二）の改正規定、別表第三（三）の改正規定、別表第三（四）の改正規定、別表第四（二）の改正規定、別表第五（三）の改正規定、別表第五（七）の改正規定（同表中「自己の株式の取得等の場合の」を「配当等とみなす金額に関する」に改める部分、同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）（ハ）中「掲げる資本若しくは出資の減少」を「掲げる資本の払戻し」に、「当該資本若しくは出資の減少又は」を「当該資本の払戻し又は当該」に改める部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分並びに同表の備考２（８）中「資本又は出資の減少」を「資本の払戻し」に改める部分及び「脱退」を「脱退、組織変更」に改める部分に限る。）、別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分を除く。）、別表第五（二十九）の改正規定（同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）に係る部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分、同表の備考２（４）（ホ）中「自己の株式」の次に「又は出資」を加える部分、同表の備考２（４）に次のように加える部分、同表の備考２（６）に係る部分及び同表の備考２（８）に係る部分（「、株式の消却」を削る部分及び「退社」を「自己の出資の取得、出資の消却、出資の払戻し、退社」に改める部分を除く。）に限る。）、別表第九の改正規定及び同表の次に一表を加える改正規定並びに附則第三条、第四条、第七条及び第九条第四項から第六項までの規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日 第四十条の八第一項の改正規定及び第四十条の九第二項第一号の改正規定 総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）附則第一条第二号に定める日
別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分に限る。）及び附則第九条第八項の規定 平成十八年十月一日
第一条第二項の改正規定、第四十条の七（見出しを含む。）の改正規定、第四十七条第十七号の改正規定、第四十七条の二第二項の改正規定、第五十三条第一項第四号の改正規定、同条第二項の改正規定、第七十五条の改正規定、第七十六条第三号の改正規定、第九十三条の改正規定、第九十五条の次に二条を加える改正規定、第百条の改正規定、別表第三（五）の改正規定、別表第五（十二）の改正規定、別表第五（十四）の改正規定及び別表第六（一）の改正規定並びに附則第五条、第六条、第八条並びに第九条第七項及び第九項の規定 平成十九年一月一日
第一条第五項を削る改正規定、第五条第一項の改正規定、第六条第一項第十号の改正規定、第八条の三（見出しを含む。）の改正規定、第十六条第一項の改正規定、第三十五条の二の改正規定、第五十三条第一項第一号の改正規定、第八十一条の四第十号の改正規定、第八十一条の二十五の改正規定、第八十一条の二十六の改正規定、第八十一条の二十七の改正規定、第八十三条の改正規定、第九十条の三の改正規定、第九十二条第一項の改正規定、第九十七条の二の改正規定、第九十七条の三の改正規定、第九十七条の二の次に一条を加える改正規定、第百七条の改正規定（「別表第九」を「別表第九（二）」に改める部分に限る。）、別表第三（二）の改正規定、別表第三（三）の改正規定、別表第三（四）の改正規定、別表第四（二）の改正規定、別表第五（三）の改正規定、別表第五（七）の改正規定（同表中「自己の株式の取得等の場合の」を「配当等とみなす金額に関する」に改める部分、同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）（ハ）中「掲げる資本若しくは出資の減少」を「掲げる資本の払戻し」に、「当該資本若しくは出資の減少又は」を「当該資本の払戻し又は当該」に改める部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分並びに同表の備考２（８）中「資本又は出資の減少」を「資本の払戻し」に改める部分及び「脱退」を「脱退、組織変更」に改める部分に限る。）、別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分を除く。）、別表第五（二十九）の改正規定（同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）に係る部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分、同表の備考２（４）（ホ）中「自己の株式」の次に「又は出資」を加える部分、同表の備考２（４）に次のように加える部分、同表の備考２（６）に係る部分及び同表の備考２（８）に係る部分（「、株式の消却」を削る部分及び「退社」を「自己の出資の取得、出資の消却、出資の払戻し、退社」に改める部分を除く。）に限る。）、別表第九の改正規定及び同表の次に一表を加える改正規定並びに附則第三条、第四条、第七条及び第九条第四項から第六項までの規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日
第四十条の八第一項の改正規定及び第四十条の九第二項第一号の改正規定 総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）附則第一条第二号に定める日
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、平成十八年分以後の所得税について適用し、平成十七年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新規則第六条第一項第十号（非課税貯蓄申込書の特例が認められる預貯金等の範囲等）の規定は、附則第一条第三号（施行期日）に定める日（以下「会社法施行日」という。）以後に購入をする所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「改正法」という。）第一条（所得税法の一部改正）の規定による改正後の所得税法（以下「新法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する有価証券について適用し、会社法施行日前に購入をした改正法第一条の規定による改正前の所得税法（以下「旧法」という。）第十条第一項（障害者等の少額預金の利子所得等の非課税）に規定する有価証券については、なお従前の例による。
会社法施行日前にされた改正前の所得税法施行規則（以下「旧規則」という。）第三十五条の二第一号（更生計画認可の決定等に準ずる事由）に規定する整理計画の決定（会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件に係る同号に規定する整理計画の決定を含む。）については、なお従前の例による。
改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定の適用がある場合における新規則の規定の適用については、新規則第四十七条の二第二項（生命保険料控除に関する証明事項等）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）」とあるのは「所得税法等の一部を改正する等の法律（平成十八年法律第十号。以下「平成十八年改正法」という。）附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）」と、「地震保険料に係る同条第二項に規定する損害保険契約等」とあるのは「地震保険料等に係る同号に規定する損害保険契約等又は同項に規定する長期損害保険契約等」と、「当該損害保険契約等」とあるのは「当該損害保険契約等又は長期損害保険契約等」と、「同条第一項に規定する地震保険料」とあるのは「同号に規定する地震保険料等」と、新規則第四十七条の五第一項（還付等を受けるための申告書の記載事項の特例）中「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）まで」と、「同項」とあるのは「法第百二十二条第一項」と、同条第二項中「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項の規定により適用される場合を含む。）まで」と、新規則第七十五条第一項第九号（給与所得者の保険料控除申告書の記載事項）中「法第七十七条第一項（地震保険料控除）に規定する地震保険料（以下この号において「地震保険料」という。）」とあるのは「平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する地震保険料等」と、「次に掲げる事項」とあるのは「同号に規定する地震保険料及び旧長期損害保険料別の次に掲げる事項」と、同号ハ中「地震保険料」とあるのは「当該地震保険料」と、「又は共済金の額」とあるのは「若しくは共済金の額又は当該旧長期損害保険料に係る保険金の額、年金額若しくは共済金の額」と、同号ホ中「地震保険料」とあるのは「当該地震保険料の金額又は当該旧長期損害保険料」と、新規則第七十六条第六項（保険料控除申告書に関する書類の提出又は提示により証明する事項）中「地震保険料に係る法第七十七条第二項（地震保険料控除）に規定する損害保険契約等」とあるのは「地震保険料等に係る平成十八年改正法附則第十条第二項第一号（地震保険料控除に関する経過措置）に規定する損害保険契約等又は同項に規定する長期損害保険契約等」と、「当該損害保険契約等」とあるのは「当該損害保険契約等又は長期損害保険契約等」と、「同条第一項に規定する地震保険料」とあるのは「同号に規定する地震保険料等」と、新規則第九十三条第一項第九号（給与等の源泉徴収票）中「地震保険料」とあるのは「地震保険料等」と、「第七十七条まで」とあるのは「第七十七条（平成十八年改正法附則第十条第二項（地震保険料控除に関する経過措置）の規定により適用される場合を含む。）まで」とする。
改正法附則第十四条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）の規定又は所得税法施行令の一部を改正する政令（平成十八年政令第百二十四号）附則第十六条第一項（平成十九年分の純損失の繰戻しによる還付に係る特例）の規定の適用がある場合における新法第百四十二条第一項（純損失の繰戻しによる還付の手続等）に規定する還付請求書には、同項に規定する事項（新規則第五十四条第一項第二号（純損失の繰戻しによる還付請求書の記載事項）に掲げる事項を除く。）のほか、平成十八年分の同号に規定する総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額に係る所得税の額（改正法第十四条（経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律の廃止）の規定による廃止前の経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号。以下「旧所得税等負担軽減措置法」という。）第四条（居住者の最高税率の特例）の規定により読み替えられた旧法第二編第三章第一節（税率）の規定及び旧所得税等負担軽減措置法第五条（非居住者の最高税率の特例）の規定により読み替えられた旧法第百六十五条（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）の規定を適用して計算した所得税の額をいう。）及び当該所得税の額から当該所得税の額の百分の十に相当する金額（当該金額が十二万五千円を超える場合には、十二万五千円）を控除した金額を記載しなければならない。
新規則第八十一条の四第十号（反復して預貯金等の預入等をすることを約する契約の範囲等）の規定は、会社法施行日以後に購入をする同号に規定する公社債につき支払を受ける新法第二百二十四条第一項（利子等、配当等の受領者の告知）に規定する利子等について適用し、会社法施行日前に購入をした旧規則第八十一条の四第十号（反復して預貯金等の預入等をすることを約する契約の範囲等）に規定する公社債につき支払を受ける当該利子等については、なお従前の例による。
新規則第九十三条第一項（給与等の源泉徴収票）の規定は、平成十九年以後の各年において支払の確定した新法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）に規定する給与等について同項の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付する同条第一項に規定する源泉徴収票について適用し、平成十八年以前の各年において支払の確定した旧法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）に規定する給与等について同項の規定により提出し、又は交付する同項に規定する源泉徴収票については、なお従前の例による。
新規則第九十三条第四項の規定は、平成十九年一月一日以後に交付する同項の源泉徴収票について適用する。
新規則別表第一（一）及び別表第一（三）に定める書式は、施行日以後に提出する新規則第三条の十三（非課税郵便貯金申込書等の書式）に規定する申込書について適用し、施行日前に提出した当該申込書については、なお従前の例による。
新規則別表第三（一）、別表第五（十三）、別表第五（十五）、別表第五（十八）及び別表第五（二十三）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十条（源泉徴収に係る所得税の納付手続）及び第二百二十五条第一項（支払調書及び支払通知書）の規定により添付し、又は提出するこれらの規定に規定する計算書及び調書について適用し、施行日前に添付し、又は提出した当該計算書及び調書については、なお従前の例による。
別表第五（七）の改正規定（同表中「自己の株式の取得等の場合の」を「配当等とみなす金額に関する」に改める部分、同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）（ハ）中「掲げる資本若しくは出資の減少」を「掲げる資本の払戻し」に、「当該資本若しくは出資の減少又は」を「当該資本の払戻し又は当該」に改める部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分並びに同表の備考２（８）中「資本若しくは出資の減少」を「資本の払戻し」に改める部分及び「脱退」を「脱退、組織変更」に改める部分を除く。）及び別表第五（二十九）の改正規定（同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）に係る部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分、同表の備考２（４）（ホ）中「自己の株式」の次に「又は出資」を加える部分、同表の備考２（４）に次のように加える部分、同表の備考２（６）に係る部分及び同表の備考２（８）に係る部分（「、株式の消却」を削る部分及び「退社」を「自己の出資の取得、出資の消却、出資の払戻し、退社」に改める部分を除く。）を除く。）による新規則別表第五（七）及び別表第五（二十九）に定める書式は、施行日以後に新法第二百二十五条の規定により提出し、又は交付する同条に規定する調書及び通知書について適用し、施行日前に提出し、又は交付した当該調書及び通知書については、なお従前の例による。
新規則別表第三（二）から別表第三（四）まで、別表第四（二）、別表第五（三）、別表第九（一）及び別表第九（二）に定める書式は、会社法施行日以後に新法第二百二十条、第二百二十四条第二項（配当等の受領者の告知）、第二百二十五条第一項、第二百二十八条の二（新株予約権の行使に関する調書）及び第二百二十八条の三（株式無償割当てに関する調書）の規定により添付し、又は提出するこれらの規定に規定する計算書、告知書及び調書について適用し、会社法施行日前に添付し、又は提出した当該計算書、告知書及び調書については、なお従前の例による。
別表第五（七）の改正規定（同表中「自己の株式の取得等の場合の」を「配当等とみなす金額に関する」に改める部分、同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）（ハ）中「掲げる資本若しくは出資の減少」を「掲げる資本の払戻し」に、「当該資本若しくは出資の減少又は」を「当該資本の払戻し又は当該」に改める部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分並びに同表の備考２（８）中「資本若しくは出資の減少」を「資本の払戻し」に改める部分及び「脱退」を「脱退、組織変更」に改める部分に限る。）、別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分を除く。）及び別表第五（二十九）の改正規定（同表の備考１に係る部分、同表の備考２（２）（ロ）に係る部分、同表の備考２（３）に係る部分、同表の備考２（４）（ハ）に係る部分、同表の備考２（４）（ホ）中「自己の株式」の次に「又は出資」を加える部分、同表の備考２（４）に次のように加える部分、同表の備考２（６）に係る部分及び同表の備考２（８）に係る部分（「、株式の消却」を削る部分及び「退社」を「自己の出資の取得、出資の消却、出資の払戻し、退社」に改める部分を除く。）に限る。）による新規則別表第五（七）、別表第五（二十八）及び別表第五（二十九）に定める書式は、会社法施行日以後に新法第二百二十五条の規定により提出し、又は交付する同条に規定する調書及び通知書について適用し、会社法施行日前に提出し、又は交付した当該調書及び通知書については、なお従前の例による。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新規則別表第五（二十八）の表の備考２（２）の規定の適用については、同表の備考２（２）中「株式（法人税法第２条第１２号の６の３に規定する株式交換完全子法人の株式については株式交換完全子法人株式、同条第１２号の６の５に規定する株式移転完全子法人の株式については株式移転完全子法人株式、」とあるのは、「株式（」とする。
新規則別表第三（五）、別表第五（十二）及び別表第五（十四）に定める書式は、平成十九年一月一日以後に新法第二百二十条及び第二百二十五条第一項の規定により添付し、又は提出するこれらの規定に規定する計算書及び調書について適用し、同日前に添付し、又は提出した当該計算書及び調書については、なお従前の例による。
別表第五（二十八）の改正規定（同表の備考２（２）中「、同法第３７条の１４第１項に規定する株式交換等（以下この表において「株式交換等」という。）により移転があつた同項に規定する特定子会社株式（以下この表において「特定子会社株式」という。）については特定子会社株式」を削る部分及び同表の備考２（６）を削り、同表の備考２（７）を同表の備考２（６）とし、同表の備考２（８）から（１０）までを削る部分に限る。）による新規則別表第五（二十八）に定める書式は、平成十八年十月一日以後に新法第二百二十五条第一項の規定により提出する同項に規定する調書について適用し、同日前に提出した当該調書については、なお従前の例による。
新規則別表第六（一）に定める書式は、平成十九年以後の各年において支払の確定した新法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）に規定する給与等について同項の規定により提出し、又は同項若しくは同条第四項ただし書の規定により交付する同条第一項に規定する源泉徴収票について適用し、平成十八年以前の各年において支払の確定した旧法第二百二十六条第一項（源泉徴収票）に規定する給与等について同項の規定により提出し、又は交付する同項に規定する源泉徴収票については、なお従前の例による。
前各項に規定する書式は、当分の間、旧規則の相当の規定に定める申込書、計算書、告知書、調書、通知書又は源泉徴収票に、新規則別表第一（一）、別表第一（三）、別表第三（一）から別表第三（五）まで、別表第四（二）、別表第五（三）、別表第五（七）、別表第五（十二）から別表第五（十五）まで、別表第五（十八）、別表第五（二十三）、別表第五（二十八）、別表第五（二十九）、別表第六（一）及び別表第九（一）に準じて、記載したものをもってこれに代えることができる。