この省令は、昭和五十年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定及び別表の書式は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。）のこの省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に終了する事業年度の所得及び施行日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この項において同じ。）について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得及び施行日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
法人が昭和五十年四月一日前に支出した改正前の法人税法施行規則（次項において「旧規則」という。）第二十八条（農畜産物の価格安定等のための負担金）に規定する負担金の損金算入については、なお従前の例による。
法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和五十年政令第五十八号）附則第四条第二項（特定の損失等に充てるための負担金の損金算入に関する経過措置）に規定する大蔵省令で定めるものは、旧規則第二十八条第一項又は第四項（農畜産物の価格安定等のための負担金）の規定により国税庁長官の認定を受けた法人のこれらの規定に規定する業務に係る資金（同項の規定により当該認定を受けた法人に係るものにあつては、昭和五十八年三月三十一日までに徴収される負担金に係る資金に限る。）とする。
新規則別表十（六）の書式は、法人が昭和五十年一月一日以後に行う租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十五条の二から第六十五条の五まで（収用換地等の場合の所得の特別控除等）の規定に該当する資産の譲渡に係る法人税について適用し、同日前に行われた当該譲渡に係る法人税については、なお従前の例による。
新規則別表十（七）Ⅴの書式は、法人が施行日以後に支出する租税特別措置法第六十六条の七第一項（特定の基金に対する負担金の損金算入の特例）に規定する負担金について適用する。