この省令は、法の施行の日から施行する。 ただし、附則第五条、第六条（大蔵省組織規程（昭和二十四年大蔵省令第三十七号）第九十条第一項第五号の改正規定に限る。）、附則第七条（税関職員の身分を示す証票等の書式に関する省令（昭和二十九年大蔵省令第六十四号）の改正規定中「第三十四条第四項又は」の下に「消費税法第六十二条第四項、」を加える部分を除く。）、附則第八条から第十条まで、第十一条（国税質問検査章規則（昭和四十年大蔵省令第四十九号）第二条第一号の改正規定中「第百五十七条」の下に「、消費税法（昭和六十三年法律第百八号）第六十二条第四項」を加える部分を除く。）、附則第十三条及び第十四条（沖縄の復帰に伴う国税関係法令の適用の特別措置等に関する省令（昭和四十七年大蔵省令第四十二号）第三十条の次に一条を加える改正規定を除く。）の規定は、平成元年四月一日から施行する。
第十二条第一項の規定は、同項に規定する個人事業者が平成元年四月一日（以下「適用日」という。）以後に行う資産の譲渡等に係る同項第一号に規定する前受金の額及び当該個人事業者が適用日以後に行う課税仕入れに係る同項第二号に規定する前払金の額について適用する。
法の施行の日に所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第十八条第一項（納税地の指定）又は法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十八条第一項（納税地の指定）の規定による所得税又は法人税の納税地の指定を受けている事業者については、当該指定を受けている納税地を資産の譲渡等に係る消費税の納税地として同日に法第二十三条第一項の規定による指定を受けたものとみなす。
事業者（法第九条第一項本文の規定により消費税を納める義務が免除される事業者を除く。）が、適用日から平成元年九月三十日までの間に国内において行つた資産の譲渡等若しくは第二十七条第一項第二号に規定する資産の譲渡等に係る対価の返還等又は法第三十二条第一項に規定する仕入れに係る対価の返還等については、第二十七条第一項第一号イ、第二号イ及び第三号イに掲げる事項は、同項第一号、第二号及び第三号の規定にかかわらず、これらの事項の記録を省略することができる。
次に掲げる省令は、廃止する。 砂糖消費税法施行規則（昭和三十年大蔵省令第三十四号） 物品税法施行規則（昭和三十七年大蔵省令第二十四号） トランプ類税法施行規則（昭和三十二年大蔵省令第五十三号） 入場税法施行規則（昭和三十四年大蔵省令第三十二号） 通行税法施行細則（昭和十五年大蔵省令第十六号）
砂糖消費税法施行規則（昭和三十年大蔵省令第三十四号）
物品税法施行規則（昭和三十七年大蔵省令第二十四号）
トランプ類税法施行規則（昭和三十二年大蔵省令第五十三号）
入場税法施行規則（昭和三十四年大蔵省令第三十二号）
通行税法施行細則（昭和十五年大蔵省令第十六号）