この省令は、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日から施行する。
改正後の消費税法施行規則（以下この条において「新規則」という。）第九条及び第十五条第二項の規定は、この省令の施行の日（以下この条において「施行日」という。）以後に新規則第九条の規定により提出する申請書又は新規則第十五条第二項の規定により提出する届出書について適用し、施行日前に改正前の消費税法施行規則（以下この項において「旧規則」という。）第九条の規定により提出した申請書又は旧規則第十五条第二項の規定により提出した届出書については、なお従前の例による。
新規則第十条第一項及び第三項、第十条の二第一項及び第三項、第十条の三、第十条の五第一項及び第三項、第十条の六第一項及び第三項、第十一条、第十三条、第十四条、第十五条第一項、第十七条第一項から第四項まで、第十七条の二、第二十条の二、第二十六条第一項、第五項及び第六項、第二十八条並びに第三十条の規定は、施行日以後に提出する消費税法第八条第八項、第九条第四項若しくは第五項、第十九条第一項第三号から第四号の二まで若しくは第三項、第三十七条第一項若しくは第四項、第四十二条第八項若しくは第九項、第五十七条第一項若しくは第二項若しくは消費税法施行令第十八条の二第三項、第十一項、第十三項若しくは第十四項、第十八条の四第五項若しくは第七項、第七十四条第八項若しくは第七十六条第十項の届出書、同令第十八条の二第一項若しくは第七項、第十八条の四第一項、第二十条の二第三項、第四十七条第一項、第五十七条の二第三項、第七十四条第三項若しくは第七十六条第五項若しくは同法第三十七条の二第二項（同条第七項において準用する場合を含む。）の申請書又は同法第二十五条の書面について適用し、施行日前に提出した同法第八条第八項、第九条第四項若しくは第五項、第十九条第一項第三号から第四号の二まで若しくは第三項、第三十七条第一項若しくは第四項、第四十二条第八項若しくは第九項、第五十七条第一項若しくは第二項若しくは同令第十八条の二第三項、第十一項、第十三項若しくは第十四項、第十八条の四第五項若しくは第七項、第七十四条第八項若しくは第七十六条第十項の届出書、同令第十八条の二第一項若しくは第七項、第十八条の四第一項、第二十条の二第三項、第四十七条第一項、第五十七条の二第三項、第七十四条第三項若しくは第七十六条第五項若しくは同法第三十七条の二第二項（同条第七項において準用する場合を含む。）の申請書又は同法第二十五条の書面については、なお従前の例による。
新規則第二十条第一項、第二十二条第一項又は第二十三条第一項の規定は、施行日以後に開始する課税期間（消費税法第十九条第一項に規定する課税期間をいう。以下この項において同じ。）に係る同法第四十二条第一項、第四項若しくは第六項、第四十五条第一項から第三項まで又は第四十六条第一項若しくは第二項の申告書について適用し、施行日前に開始した課税期間に係る同法第四十二条第一項、第四項若しくは第六項、第四十五条第一項から第三項まで又は第四十六条第一項若しくは第二項の申告書については、なお従前の例による。