この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。 ただし、附則第二条第一項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第二項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第三項及び第四項の改正規定、同条第五項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）、同条第六項の改正規定並びに同条第七項の改正規定（「百分の四・四」を「百分の十・三」に改める部分に限る。）並びに次条及び附則第三条の規定は、令和元年十月一日から施行する。
改正後の地方法人税法施行令（以下「新令」という。）附則第二条第一項の規定は、連結親法人又はその各連結子法人の令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度又は当該課税事業年度終了の日の属する連結事業年度（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第十五条の二に規定する連結事業年度をいう。以下この項において同じ。）の所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号。以下「改正法」という。）第三条の規定による改正後の地方法人税法（以下「新法」という。）第十五条第一項に規定する加算調整額について適用し、連結親法人又はその各連結子法人の同月一日前に開始した課税事業年度又は当該課税事業年度終了の日の属する連結事業年度の改正法第三条の規定による改正前の地方法人税法（以下この条において「旧法」という。）第十五条第一項に規定する加算調整額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第二項の規定は、法人の令和元年十月一日以後に開始する新法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額について適用し、法人の同日前に開始した旧法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度の同号に規定する地方法人税額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第三項の規定は、法人（法人税法第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）の令和元年十月一日以後に開始する新法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、法人の同日前に開始した旧法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度の同項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第四項の規定は、法人の令和元年十月一日以後に開始する新法第二十九条第二項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額について適用し、法人の同日前に開始した旧法第二十九条第二項の各課税事業年度の同項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第五項の規定は、内国法人の令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度の新令第三条第一項に規定する地方法人税の額について適用し、内国法人の同日前に開始した課税事業年度の改正前の地方法人税法施行令（以下この条において「旧令」という。）第三条第一項に規定する地方法人税の額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第六項の規定は、外国法人の令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度の新令第三条第三項に規定する地方法人税の額について適用し、外国法人の同日前に開始した課税事業年度の旧令第三条第三項に規定する地方法人税の額については、なお従前の例による。
新令附則第二条第七項の規定は、連結親法人の令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度の新令第三条第五項に規定する地方法人税の額について適用し、連結親法人の同日前に開始した課税事業年度の旧令第三条第五項に規定する地方法人税の額については、なお従前の例による。
改正法附則第三十条第二項に規定する法人税の額への加算に関する特例を定めている規定として政令で定める規定は、次の各号に掲げる規定とし、同項に規定する附則の規定として政令で定める規定は、当該各号に定める規定とする。 所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号。以下「平成二十七年改正法」という。）附則第八十四条第四項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十七年改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十八条の九第十一項の規定 平成二十七年改正法附則第八十四条第四項の規定 改正法附則第百十条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧租税特別措置法」という。）第六十八条の十五第五項の規定 改正法附則第百十条第二項の規定
所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号。以下「平成二十七年改正法」という。）附則第八十四条第四項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十七年改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第六十八条の九第十一項の規定 平成二十七年改正法附則第八十四条第四項の規定
改正法附則第百十条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における改正法第十条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「旧租税特別措置法」という。）第六十八条の十五第五項の規定 改正法附則第百十条第二項の規定
令和元年十月一日以後に開始する新法第十六条第一項第一号に規定する前課税事業年度において次の各号に掲げる規定の適用がある場合における同条の規定の適用については、当該前課税事業年度の同項第一号に規定する地方法人税額は、当該各号に定める規定にかかわらず、当該地方法人税額から当該各号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。 平成二十七年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十七年改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四第十一項の規定 平成二十七年改正法附則第七十三条第一項の規定 改正法附則第八十八条第二項又は第八十九条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第四十二条の十第五項又は第四十二条の十一第五項の規定 改正法附則第八十八条第二項又は第八十九条第二項の規定 前項第一号に掲げる規定 同号に定める規定 改正法附則第百九条第二項又は第百十条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第六十八条の十四第五項又は第六十八条の十五第五項の規定 改正法附則第百九条第二項又は第百十条第二項の規定
平成二十七年改正法附則第七十三条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における平成二十七年改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四第十一項の規定 平成二十七年改正法附則第七十三条第一項の規定
改正法附則第八十八条第二項又は第八十九条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第四十二条の十第五項又は第四十二条の十一第五項の規定 改正法附則第八十八条第二項又は第八十九条第二項の規定
前項第一号に掲げる規定 同号に定める規定
改正法附則第百九条第二項又は第百十条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧租税特別措置法第六十八条の十四第五項又は第六十八条の十五第五項の規定 改正法附則第百九条第二項又は第百十条第二項の規定
令和元年十月一日以後に開始する新法第二十三条第一項本文に規定する課税事業年度において前項各号に掲げる規定の適用がある場合における同条の規定の適用については、当該課税事業年度の同条第一項に規定する基準法人税額に対する地方法人税の額は、当該各号に定める規定にかかわらず、当該基準法人税額に対する地方法人税の額から当該各号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
令和元年十月一日以後に開始する新法第二十九条第二項の各課税事業年度において第二項第一号又は第二号に掲げる規定の適用がある場合における同条の規定の適用については、当該各課税事業年度の同条第二項に規定する所得基準法人税額に対する地方法人税の額は、第二項第一号又は第二号に定める規定にかかわらず、当該所得基準法人税額に対する地方法人税の額から同項第一号又は第二号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度において第二項第一号又は第二号に掲げる規定の適用がある場合における新令第三条第一項の規定の適用については、同項に規定する地方法人税の額は、第二項第一号又は第二号に定める規定にかかわらず、当該地方法人税の額から同項第一号又は第二号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。
令和元年十月一日以後に開始する課税事業年度において第二項第三号又は第四号に掲げる規定の適用がある場合における新令第三条第五項の規定の適用については、同項に規定する地方法人税の額は、第二項第三号又は第四号に定める規定にかかわらず、当該地方法人税の額から同項第三号又は第四号に掲げる規定により加算された金額の百分の十・三に相当する金額を控除した金額とする。