この法律は、公布の日から起算して三月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
前条の規定による改正後の地方税法（以下「新地方税法」という。）第七十三条の二第十一項、第七十三条の四第一項第一号及び第七十三条の六第一項の規定は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、施行日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十九条第一項に規定する業務のうちこの法律による改正前の農用地開発公団法（以下「旧法」という。）第十九条第一項第一号イ又はロの事業が施行された場合における新地方税法第七十三条の二第十一項の規定の適用については、同項中「土地改良事業」とあるのは、「土地改良事業（農用地整備公団が農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）により行う同法附則第十九条第一項に規定する業務のうち農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第十九条第一項第一号イ又はロの事業を含む。第七十三条の二十九において同じ。）」とする。
施行日以後に公団が直接新法附則第十九条第一項に規定する業務のうち旧法第十九条第一項第一号イ又はロの事業の用に供する不動産を取得した場合における新地方税法第七十三条の四第一項第一号の規定の適用については、同号中「不動産」とあるのは、「不動産又は農用地整備公団が直接農用地整備公団法附則第十九条第一項に規定する業務のうち農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第十九条第一項第一号イ若しくはロの事業の用に供する不動産」とする。
施行日以後に新法附則第十九条第一項に規定する業務のうち旧法第十九条第一項第一号イ若しくはロ又は同項第二号の事業が施行された場合における新地方税法第七十三条の六第一項の規定の適用については、同項中「換地の取得」とあるのは「換地の取得（農用地整備公団法附則第十九条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法第五十四条の二第一項又は第五項の規定による換地の取得を含む。）」と、「土地の取得」とあるのは「土地の取得（農用地整備公団法附則第十九条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる農用地開発公団法の一部を改正する法律による改正前の農用地開発公団法第二十四条第二項において準用する土地改良法第百六条第一項の規定による土地の取得を含む。）」とする。
農用地開発公団が行つた旧法第十九条第一項第一号イ又はロの事業に係る一時利用地又は換地に対して課する昭和六十三年度分の固定資産税については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十九条第一項に規定する業務のうち旧法第十九条第一項第一号イ又はロの事業が施行された場合における新地方税法第三百四十三条第六項の規定の適用については、同項中「土地改良事業」とあるのは、「土地改良事業（農用地整備公団が農用地整備公団法により行う同法附則第十九条第一項に規定する業務のうち農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第十九条第一項第一号イ又はロの事業を含む。）」とする。
農用地開発公団が直接その本来の事業の用に供する固定資産に対して課する昭和六十三年度分の固定資産税については、なお従前の例による。
施行日以後に公団が直接新法附則第十九条第一項に規定する業務のうち旧法第十九条第一項第一号イ又はロの事業の用に供する固定資産に対する新地方税法第三百四十八条第二項第二号の規定の適用については、同号中「固定資産」とあるのは、「固定資産又は農用地整備公団が直接農用地整備公団法附則第十九条第一項に規定する業務のうち農用地開発公団法の一部を改正する法律（昭和六十三年法律第四十四号）による改正前の農用地開発公団法第十九条第一項第一号イ若しくはロの事業の用に供する固定資産」とする。
前条の規定による改正前の地方税法（以下「旧地方税法」という。）附則第十一条第七項の規定は、国の作成した計画に基づく政府の補助を受けて、施行日以後に公団が新法附則第十九条第一項に規定する旧法第十九条第一項の業務として新設し、又は改良した旧地方税法附則第十一条第七項の政令で定める農業用施設を、都道府県又は市町村から譲渡しを受けた場合における当該施設の取得に対して課する不動産取得税の課税標準の算定については、当該取得が平成十二年三月三十一日までの間に行われたときに限り、なおその効力を有する。 この場合において、同項中「農用地開発公団が新設し」とあるのは「農用地整備公団が新設し」と、「昭和六十一年四月一日から昭和六十五年三月三十一日」とあるのは「平成八年四月一日から平成十二年三月三十一日」と、「当該施設の新設又は改良につき農用地開発公団が当該補助を受けた額に相当する額と価格に当該施設の取得価額に対する当該補助を受けた額の割合を乗じて得た額との差額の五分の二に相当する額を当該乗じて得た額に加算した額に相当する額」とあるのは「価格に当該施設の取得価額に対する当該施設の新設又は改良につき農用地整備公団が当該補助を受けた額の割合を乗じて得た額」とする。