この法律は、平成十一年十月一日から施行する。
新地方税法第七十三条の二第十一項、第七十三条の四第一項第一号、第七十三条の六第一項、第七十三条の二十七の七及び第七十三条の二十九の規定は、施行日以後の不動産の取得に対して課すべき不動産取得税について適用し、施行日前の不動産の取得に対して課する不動産取得税については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合における平成十二年改正後の地方税法第七十三条の二第十一項、第七十三条の二十七の七及び第七十三条の二十九の規定の適用については、平成十二年改正後の地方税法第七十三条の二第十一項中「第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは「第十八条第一項第七号イの事業及び同法附則第十三条第一項の規定により行う森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法（昭和四十九年法律第四十三号）第十九条第一項第一号イの事業」と、平成十二年改正後の地方税法第七十三条の二十七の七第一項中「第二十二条の四第二項」とあるのは「第二十二条の四第二項若しくは同法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第二十三条第二項」と、同条第二項中「第二十二条の四第二項」とあるのは「第二十二条の四第二項又は同法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第二十三条第二項」とする。
施行日以後に緑資源公団が新法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業の用に供する不動産を直接取得した場合における新地方税法第七十三条の四第一項第一号の規定の適用については、同号中「不動産」とあるのは、「不動産並びに緑資源公団が緑資源公団法附則第十三条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業の用に直接供する不動産」とする。
施行日以後に新法附則第十三条第一項の業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イ又は同項第二号の事業が施行された場合における平成十二年改正後の地方税法第七十三条の六第一項の規定の適用については、同項中「第二十二条の四第二項」とあるのは「第二十二条の四第二項又は同法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第二十三条第二項」と、「第二十二条の五第二項」とあるのは「第二十二条の五第二項又は同法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第二十四条第二項」とする。
農用地整備公団が行った旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業に係る一時利用地又は換地に対して課する平成十一年度分の固定資産税については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十三条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合における平成十二年改正後の地方税法第三百四十三条第六項の規定の適用については、同項中「同法第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは、「同法第十八条第一項第七号イの事業及び同法附則第十三条第一項の規定により行う業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」とする。
農用地整備公団が直接その本来の事業の用に供する固定資産に対して課する平成十一年度分の固定資産税については、なお従前の例による。
施行日以後に公団が直接新法附則第十三条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号又は第四号の事業の用に供する固定資産に対する平成十二年改正後の地方税法第三百四十八条第二項第二号の規定の適用については、同号中「固定資産」とあるのは、「固定資産又は緑資源公団が直接緑資源公団法附則第十三条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第十九条第一項第一号若しくは第四号の事業の用に供する固定資産」とする。
農用地整備公団が旧農用地整備公団法第二十三条第二項において準用する土地改良法（昭和二十四年法律第百九十五号）第五十三条の七の規定により管理する土地に対して課する平成十一年度分の特別土地保有税については、なお従前の例による。
施行日以後に新法附則第十三条第一項に規定する業務のうち旧農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業が施行された場合における平成十二年改正後の地方税法第五百八十七条の二第一項の規定の適用については、同項中「同法第十八条第一項第七号イの事業」とあるのは「同法第十八条第一項第七号イの事業及び同法附則第十三条第一項に規定する業務のうち森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第十九条第一項第一号イの事業」と、「緑資源公団法第二十二条の四第二項」とあるのは「緑資源公団法第二十二条の四第二項及び同法附則第十三条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる森林開発公団法の一部を改正する法律（平成十一年法律第七十号）附則第八条の規定による廃止前の農用地整備公団法第二十三条第二項」とする。