この省令は、公布の日から施行する。 ただし、附則第六条に二項を加える改正規定は、津波防災地域づくりに関する法律（平成二十三年法律第百二十三号）の施行の日から施行する。
平成二十三年四月二十一日における地方税法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百二十号）による改正後の地方税法（以下「新法」という。）附則第五十一条第四項に規定する警戒区域設定指示区域（以下この条において「警戒区域設定指示区域」という。）であって同年三月十二日において新法附則第五十五条の二第一項第二号に掲げる指示（避難のための立退きに係るものに限る。）の対象区域であった区域は、この省令による改正後の地方税法施行規則附則第二十二条の三第四号の規定の適用については、同年三月十一日から警戒区域設定指示区域であったものとみなす。この場合において、同号中「法附則第五十一条第六項の規定の適用を受けようとする場合 次に」とあるのは「地方税法の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百二十号。以下「改正法」という。）附則第二条第二項の規定により読み替えて適用される法附則第五十一条第六項の規定の適用を受けようとする場合 次に」と、「法附則第五十一条第六項に規定する」とあるのは「改正法附則第二条第二項の規定により読み替えて適用される法附則第五十一条第六項に規定する」と、「同項に規定する警戒区域設定指示が行われた日」とあるのは「平成二十三年三月十一日」と、「政令附則第三十一条第六項第一号」とあるのは「地方税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百九十二号。以下「改正令」という。）附則第四条第二項の規定により読み替えて適用される政令附則第三十一条第六項第一号」と、「法附則第五十一条第六項の規定の適用を受けようとする場合にあつては」とあるのは「改正法附則第二条第二項の規定により読み替えて適用される法附則第五十一条第六項の規定の適用を受けようとする場合にあつては」と、「政令附則第三十一条第六項第二号から第四号まで」とあるのは「改正令附則第四条第二項の規定により読み替えて適用される政令附則第三十一条第六項第二号から第四号まで」とする。