この政令は、平成元年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の所得税法施行令（以下「新令」という。）の規定は、平成元年分（昭和六十四年一月一日から平成元年十二月三十一日までの期間に係る年分をいう。）以後の所得税について適用し、昭和六十三年分以前の所得税については、なお従前の例による。
新令第二十条の二（非課税とされる通勤手当）の規定は、昭和六十四年一月一日以後に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日前に受ける当該通勤手当の差額として追給されるものを除く。）について適用し、同日前に受けるべき同条に規定する通勤手当（同日以後に受けるべき当該通勤手当で同日前に受けるものの差額として追給されるものを含む。）については、なお従前の例による。
昭和六十四年一月一日以後に受けるべき前項の通勤手当でこの政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に受けたものに係る所得税法第四編第二章第一節（給与所得に係る源泉徴収義務又は徴収税額）の規定の適用については、新令第二十条の二及び同項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
新令第三十条の三（老人等の範囲）の規定は、施行日以後に預入をする郵便貯金について適用し、施行日前に預入をした郵便貯金については、なお従前の例による。
新令第二百十七条第一項（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、個人が施行日以後に支出する所得税法第七十八条第一項（寄付金控除）に規定する特定寄付金について適用し、個人が施行日前に支出した当該特定寄付金については、なお従前の例による。
新令第二百十七条第一項第三号イ、ロ、ホ、ヘ、ヲ、ヨ又はソに掲げる法人につき同号に規定する主務大臣が施行日前に当該法人に該当する旨の証明をした事実がある場合には、当該証明（当該証明が二以上あるときは、施行日に最も近い証明に限る。）を同号の認定と、当該証明を受けた日を同号の認定を受けた日とみなす。