この省令は、公布の日から施行する。 ただし、別表十九（一）の記載要領の改正規定、別表十九（三）の記載要領第一号の改正規定及び別表二十の記載要領第一号の改正規定は、信託業法（平成十六年法律第百五十四号）の施行の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）別表の書式は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成十六年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の同日以後に終了する計算期間の所得に対する法人税、法人の同日以後に終了する事業年度の退職年金等積立金に対する法人税及び法人の同日以後の解散（合併による解散を除く。以下この項において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この項において同じ。）について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税、特定信託の受託者である法人の同日前に終了した計算期間の所得に対する法人税、法人の同日前に終了した事業年度の退職年金等積立金に対する法人税及び法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新規則別表十八の二付表一から別表十八の二付表三までの書式は、平成十六年四月一日以後に納税義務が成立する連結中間申告書（法人税法第八十一条の十九第一項各号（連結中間申告）に掲げる事項を記載するものに限る。以下この項において同じ。）に係る法人税について適用し、同日前に納税義務が成立した連結中間申告書に係る法人税については、なお従前の例による。