この省令は、平成十八年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 目次の改正規定（「第二章 非課税外国法人等の指定（第二条―第三条）」を「／第二章 非課税外国法人等の指定（第二条―第三条）／第二章の二 適格組織再編成（第三条の二）／」に改める部分及び「・第二十七条の十三の三」を削り、「第二十七条の十三の四」を「第二十七条の十三の三」に、「第二十七条の十六」を「第二十七条の十六の二」に改める部分に限る。）、第一条の改正規定（「第十二号の七の四まで」を「第十二号の六の二まで、第十二号の七の二から第十二号の七の四まで」に改め、「第十二号の十四」の下に「、第十二号の十五、第十三号」を加える部分に限る。）、第一編第二章の次に一章を加える改正規定、第二十七条の二を第二十七条の二の二とし、第二編第一章第一節第八款中同条の前に一条を加える改正規定、第二十七条の十三の二（見出しを含む。）の改正規定、第二十七条の十三の三を削る改正規定、第二編第一章第一節第十一款の三中第二十七条の十三の四を第二十七条の十三の三とする改正規定、第二編第一章第一節第十一款の四中第二十七条の十六の次に一条を加える改正規定、第三十七条第一項第一号の改正規定（「、第二十七条の十三の三（連結納税への加入に伴う資産の時価評価）」を削る部分に限る。）、同項第二号の改正規定（「、法第六十一条の十二第一項第四号（同号ロに係る部分に限る。）（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）」を削る部分に限る。）及び同条第二項の表の第二十七条の十三の三の項を削る改正規定 平成十八年十月一日 第八条の三の二の改正規定、第八条の五の改正規定、第二十二条の二の改正規定、第二十五条の二の改正規定、第二十七条の三の次に一条を加える改正規定、第二十九条の三第十一号の改正規定、第三十三条の改正規定、第三十五条第二号の改正規定、第三十七条の六第十一号の改正規定、第三十七条の十の改正規定、第三十七条の十二第二号の改正規定、第三十七条の十七第二号の改正規定及び別表二十三の改正規定並びに附則第二条、第四条、第五条第一項及び第六条の規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日 第二十三条の二の改正規定 総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）附則第一条第二号に定める日 第二十七条の十四第二号の改正規定（「並びに」を「、第二十二条の九の四第三項第六号（特定普通財産とその隣接する土地等の交換の場合の課税の特例）並びに」に改める部分に限る。）及び第三十七条第三項第二号の改正規定（「並びに」を「、第二十二条の七十三第三項第七号（連結法人の特定普通財産とその隣接する土地等の交換の場合の課税の特例）並びに」に改める部分に限る。） 国有財産の効率的な活用を推進するための国有財産法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第三十五号）の施行の日
目次の改正規定（「第二章 非課税外国法人等の指定（第二条―第三条）」を「／第二章 非課税外国法人等の指定（第二条―第三条）／第二章の二 適格組織再編成（第三条の二）／」に改める部分及び「・第二十七条の十三の三」を削り、「第二十七条の十三の四」を「第二十七条の十三の三」に、「第二十七条の十六」を「第二十七条の十六の二」に改める部分に限る。）、第一条の改正規定（「第十二号の七の四まで」を「第十二号の六の二まで、第十二号の七の二から第十二号の七の四まで」に改め、「第十二号の十四」の下に「、第十二号の十五、第十三号」を加える部分に限る。）、第一編第二章の次に一章を加える改正規定、第二十七条の二を第二十七条の二の二とし、第二編第一章第一節第八款中同条の前に一条を加える改正規定、第二十七条の十三の二（見出しを含む。）の改正規定、第二十七条の十三の三を削る改正規定、第二編第一章第一節第十一款の三中第二十七条の十三の四を第二十七条の十三の三とする改正規定、第二編第一章第一節第十一款の四中第二十七条の十六の次に一条を加える改正規定、第三十七条第一項第一号の改正規定（「、第二十七条の十三の三（連結納税への加入に伴う資産の時価評価）」を削る部分に限る。）、同項第二号の改正規定（「、法第六十一条の十二第一項第四号（同号ロに係る部分に限る。）（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）」を削る部分に限る。）及び同条第二項の表の第二十七条の十三の三の項を削る改正規定 平成十八年十月一日
第八条の三の二の改正規定、第八条の五の改正規定、第二十二条の二の改正規定、第二十五条の二の改正規定、第二十七条の三の次に一条を加える改正規定、第二十九条の三第十一号の改正規定、第三十三条の改正規定、第三十五条第二号の改正規定、第三十七条の六第十一号の改正規定、第三十七条の十の改正規定、第三十七条の十二第二号の改正規定、第三十七条の十七第二号の改正規定及び別表二十三の改正規定並びに附則第二条、第四条、第五条第一項及び第六条の規定 会社法（平成十七年法律第八十六号）の施行の日
第二十三条の二の改正規定 総合法律支援法（平成十六年法律第七十四号）附則第一条第二号に定める日
第二十七条の十四第二号の改正規定（「並びに」を「、第二十二条の九の四第三項第六号（特定普通財産とその隣接する土地等の交換の場合の課税の特例）並びに」に改める部分に限る。）及び第三十七条第三項第二号の改正規定（「並びに」を「、第二十二条の七十三第三項第七号（連結法人の特定普通財産とその隣接する土地等の交換の場合の課税の特例）並びに」に改める部分に限る。） 国有財産の効率的な活用を推進するための国有財産法等の一部を改正する法律（平成十八年法律第三十五号）の施行の日
前条第二号に定める日（以下「会社法施行日」という。）前にされた改正前の法人税法施行規則（以下「旧規則」という。）第二十五条の二第一号（更生計画認可の決定等に準ずる事由）に規定する整理計画の決定（会社法施行の際現に係属している会社の整理に関する事件に係る同号に規定する整理計画の決定を含む。）については、なお従前の例による。
この省令の施行の日から会社法施行日の前日までの間における改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）第二十二条の三第一項（確定額による役員給与の届出書の記載事項）の規定の適用については、同項第六号中「規定する会計期間」とあるのは、「規定する営業年度等」とする。
会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新規則第二十七条の三の二の規定の適用については、同条第八号中「法第二条第十二号の六の三（定義）に規定する株式交換完全子法人」とあるのは「会社法第七百六十八条第一項第一号（株式会社に発行済株式を取得させる株式交換契約）に規定する株式交換完全子会社」と、同条第九号中「法第二条第十二号の六の四に規定する株式交換完全親法人」とあるのは「会社法第七百六十七条（株式交換契約の締結）に規定する株式交換完全親会社」と、同条第十号中「法第二条第十二号の六の五に規定する株式移転完全子法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第五号（株式移転計画）に規定する株式移転完全子会社」とする。
新規則第三十三条第一号（仮決算をした場合の中間申告書の添付書類）及び第三十五条第二号（確定申告書の添付書類）（これらの規定を新規則第六十一条第一項（各事業年度の所得に対する法人税についての申告、納付及び還付）において準用する場合を含む。）、第三十七条の十第一号（仮決算をした場合の連結中間申告書の添付書類）、第三十七条の十二第二号（連結確定申告書の添付書類）並びに第三十七条の十七第二号（個別帰属額等の届出の添付書類）の規定は、会社法施行日以後に終了する法人税法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に規定する期間の中間申告書、会社法施行日以後に終了する事業年度の確定申告書、会社法施行日以後に終了する法人税法第八十一条の二十第一項（仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等）に規定する期間の連結中間申告書、会社法施行日以後に終了する連結事業年度の連結確定申告書及び会社法施行日以後に終了する連結事業年度の法人税法第八十一条の二十五第一項（個別帰属額等の届出）に規定する個別帰属額等を記載した書類について適用し、会社法施行日前に終了した法人税法第七十二条第一項に規定する期間の中間申告書、会社法施行日前に終了した事業年度の確定申告書、会社法施行日前に終了した法人税法第八十一条の二十第一項に規定する期間の連結中間申告書、会社法施行日前に終了した連結事業年度の連結確定申告書及び会社法施行日前に終了した連結事業年度の法人税法第八十一条の二十五第一項に規定する個別帰属額等を記載した書類については、なお従前の例による。
新規則第三十五条第四号（新規則第六十一条第一項において準用する場合を含む。）、第三十七条の十二第五号、第三十七条の十七第四号及び第六十一条第二項第二号の規定は、この省令の施行の日以後に開始する事業年度の確定申告書、同日以後に開始する連結事業年度の連結確定申告書及び同日以後に開始する連結事業年度の法人税法第八十一条の二十五第一項に規定する個別帰属額等を記載した書類について適用する。
新規則別表二十三の規定は、会社法施行日以後に終了する事業年度の貸借対照表について適用し、会社法施行日前に終了した事業年度の貸借対照表については、なお従前の例による。