この省令は、公布の日から施行する。 ただし、別表十（六）の記載要領第二号の改正規定（「第２条第７項」を「第２条第３項」に改める部分に限る。）、別表十三（五）の記載要領の改正規定及び別表十三（十二）の記載要領第三号の改正規定（「第２条第７項」を「第２条第３項」に改める部分に限る。）は、農地法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第五十七号）の施行の日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）別表の書式は、法人（法人税法第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十一年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税及び法人の同日以後の解散（合併による解散及び同法第九十二条第二項（解散の場合の清算所得に対する法人税の課税標準）に規定する信託特定解散を除く。以下この項において同じ。）による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部の分配又は引渡しにより納付すべき法人税を含む。以下この項において同じ。）について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税、連結法人の同日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税及び法人の同日前の解散による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新規則別表十二（三）の書式は、法人の平成二十一年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
この省令の施行の日から我が国における産業活動の革新等を図るための産業活力再生特別措置法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第二十九号）の施行の日の前日までの間における新規則別表十三（十二）の書式の適用については、同表の記載要領中「技術研究組合が租税特別措置法第６６条の１０（技術研究組合の所得計算の特例）の規定の適用を受ける場合若しくは鉱工業技術研究組合が所得税法等の一部を改正する法律（平成２１年法律第１３号）第５条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この記載要領において「平成２１年旧措置法」という。）」とあるのは「鉱工業技術研究組合が租税特別措置法」と、「技術研究組合が租税特別措置法第６８条の９４（技術研究組合の所得計算の特例）の規定の適用を受ける場合若しくは連結親法人である鉱工業技術研究組合が平成２１年旧措置法」とあるのは「鉱工業技術研究組合が同法」とする。