この省令は、公布の日から施行する。 ただし、目次の改正規定、第八条の三の十の改正規定、第十九条に一項を加える改正規定、第二十五条の四の改正規定、同条の次に一条を加える改正規定、第二十五条の五第三号の改正規定、第二十六条の二及び第二十六条の三を削り、第二十六条の四を第二十六条の二とし、同条の次に一条を加える改正規定、第二十六条の五を第二十六条の四とし、同条の次に一条を加える改正規定、第二十七条の十四第二号の改正規定、第二十九条の改正規定、第三十七条第三項第二号の改正規定、第三十七条の三の改正規定、第三十七条の三の二の改正規定、第二編第一章の二第一節第三款中同条を第三十七条の三の三とする改正規定、第三十七条の三の次に一条を加える改正規定、第五十九条の改正規定、第六十条の四の次に一条を加える改正規定、第六十二条の表第五十九条第一項（帳簿書類の整理保存）の項の改正規定、第六十七条の改正規定並びに別表九（一）の記載要領第一号の改正規定並びに次条から附則第四条まで並びに附則第六条及び第七条の規定は、平成二十四年四月一日から施行する。
別段の定めがあるものを除き、改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）の規定は、法人（経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号。以下「改正法」という。）第二条の規定による改正後の法人税法（以下「新法」という。）第二条第八号（定義）に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の平成二十四年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税及び連結法人の同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百七十九号。以下「改正令」という。）附則第三条第三項第三号（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）に規定する財務省令で定める事項は、届出をする法人の名称及び納税地並びに代表者の氏名その他参考となるべき事項とする。
新規則第十九条第三項（種類等を同じくする減価償却資産の償却限度額）の規定は、法人の平成二十四年四月一日以後に終了する事業年度の改正令による改正後の法人税法施行令（以下「新令」という。）第四十八条第一項（減価償却資産の償却の方法）に規定する償却限度額の計算について適用する。
法人が、その有する減価償却資産について改正令附則第三条第二項の規定の適用を受ける場合には、当該減価償却資産は、平成二十四年三月三十一日以前に取得をされた資産とみなして、法人税法施行規則第十九条第三項（種類等を同じくする減価償却資産の償却限度額）の規定を適用する。
法人が、その有する減価償却資産について改正令附則第三条第三項の規定の適用を受ける場合には、当該減価償却資産は、平成二十四年四月一日以後に取得をされた資産とみなして、法人税法施行規則第十九条第三項の規定を適用する。
改正令附則第三条第五項に規定する新たに取得したものとされる減価償却資産に係る法人税法施行規則第十九条第三項の規定の適用については、当該減価償却資産は、平成二十四年三月三十一日以前に取得をされた資産に該当するものとする。
改正令附則第五条第一項（貸倒引当金勘定への繰入限度額等に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令による改正前の法人税法施行令第九十六条第一項第一号ニ及び第三号ホ並びに第四項（貸倒引当金勘定への繰入限度額）並びに第九十七条第二項（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定に基づく改正前の法人税法施行規則（以下「旧規則」という。）第二十五条の二から第二十五条の五まで（貸倒引当金）の規定並びに改正法附則第十三条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第二条の規定による改正前の法人税法第五十二条第七項（貸倒引当金）の規定に基づく旧規則第二十五条の六（適格分割等により移転する金銭債権に係る期中貸倒引当金勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）の規定は、なおその効力を有する。
改正令附則第五条第十項の規定により読み替えられた新令第九十七条第二項（貸倒実績率の特別な計算方法）の規定により申請書を提出する場合における新規則第二十五条の五（貸倒実績率の特別な計算方法の承認申請書の記載事項）の規定の適用については、同条第三号中「令第九十七条第八項の規定の適用を受けて同条第一項の規定による承認の申請をする場合には、同条第六項に規定する該当しないこととなつた日又は該当することとなつた日」とあるのは、「法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十三年政令第三百七十九号。以下この号において「改正令」という。）附則第五条第十項（貸倒引当金勘定への繰入限度額等に関する経過措置）の規定の適用を受けて令第九十七条第一項の規定による承認の申請をする場合には、改正令附則第五条第十項に規定する最初の事業年度開始の日（同項に規定する貸倒引当金対象法人に該当しないこととなつた場合にあつては、その該当しないこととなつた日）」とする。
新規則第三十二条第二項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）及び第三十四条第二項（確定申告書の記載事項）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に確定申告書等（新法第七十一条第一項（中間申告）の規定による申告書で新法第七十二条第一項各号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したもの及び新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書をいう。以下この条において同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。
新規則第三十七条第一項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定は、改正令附則第十一条（連結法人の減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）において準用する新令第百五十五条の六第一項第二号（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定により連結親法人が各連結法人について届出を行う場合における附則第三条第一項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）に規定する名称及び納税地並びに氏名について準用する。
改正令附則第十二条（連結法人の貸倒引当金に関する経過措置）の規定により読み替えて適用される新令第百五十五条の六第一項第二号（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定により連結親法人が各連結法人について書類の提出又は届出を行う場合における新規則第三十七条第一項及び第二項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定の適用については、同条第一項中「（適格分割等により移転する資産に係る繰延消費税額等の引継ぎに関する届出書の記載事項）」とあるのは「（適格分割等により移転する資産に係る繰延消費税額等の引継ぎに関する届出書の記載事項）並びに法人税法施行規則の一部を改正する省令（平成二十三年財務省令第八十六号）附則第四条第一項（貸倒引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の法人税法施行規則（次項において「旧効力規則」という。）第二十五条の五第一号（貸倒実績率の特別な計算方法の承認申請書の記載事項）及び第二十五条の六第一号（適格分割等により移転する金銭債権に係る期中貸倒引当金勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）」と、同条第二項中「第二十五条の七第二号」とあるのは「第二十五条の七第二号並びに旧効力規則第二十五条の五第二号」とする。
新規則第三十七条の九第二項（仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項）及び第三十七条の十一第二項（連結確定申告書の記載事項）の規定は、施行日以後に連結確定申告書等（新法第八十一条の十九第一項（連結中間申告）の規定による申告書で新法第八十一条の二十第一項各号（仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項等）に掲げる事項を記載したもの及び新法第八十一条の二十二第一項（連結確定申告）の規定による申告書をいう。以下この条において同じ。）の提出期限が到来する法人税について適用し、施行日前に連結確定申告書等の提出期限が到来した法人税については、なお従前の例による。