この省令は、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（平成二十五年法律第二十七号）附則第一条第四号に掲げる規定の施行の日から施行する。
第一条の規定による改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）第八条の三の三第一項第一号、第二項第一号及び第三項第一号（連結納税の承認申請書等の記載事項）、第八条の三の十一第一号（連結納税の取りやめ申請書の記載事項）、第八条の三の十二第一号（みなし事業年度の特例に係る書類の記載事項）、第九条第一号（特別な評価の方法の承認申請書の記載事項）、第九条の二第一号（棚卸資産の評価の方法の変更申請書の記載事項）、第九条の三第一号（特別な償却の方法の承認申請書の記載事項）、第十一条第一号（取替法を採用する場合の承認申請書の記載事項）、第十一条の二第一号（旧リース期間定額法を採用する場合の届出書の記載事項）、第十三条第一号（特別な償却率の認定申請書の記載事項）、第十五条第一号（減価償却資産の償却の方法の変更申請書の記載事項）、第十七条第一号（耐用年数短縮の承認申請書の記載事項）、第十八条第二項第一号及び第四項第一号（耐用年数短縮が届出により認められる資産の更新の場合等）、第二十条の二第一号（増加償却の届出書の記載事項）、第二十一条第一号（堅ろうな建物等の償却限度額の特例の適用を受ける場合の認定申請書の記載事項）、第二十一条の二第一号（適格分割等により移転する減価償却資産に係る期中損金経理額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十一条の三第一号（適格分割等により引き継ぐ繰延資産に係る期中損金経理額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十二条第一号（適格分割等により移転する資産等と関連を有する繰延資産の引継ぎに関する届出書の記載事項）、第二十四条の三第一号（適格分割等に係る国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の四第一号（適格分割等を行った場合の国庫補助金等に係る期中特別勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の五第一号（適格分割等による国庫補助金等に係る特別勘定の金額の引継ぎに関する届出書の記載事項）、第二十四条の六第一号（特別勘定を設けた場合の適格分割等に係る国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の七第一号（適格分割等に係る工事負担金で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の八第一号（適格分割等に係る保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の九第一号（保険差益等に係る特別勘定の設定期間延長申請書の記載事項）、第二十四条の十第一号（適格分割等を行った場合の保険差益等に係る期中特別勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十四条の十一第一号（適格分割等による保険差益等に係る特別勘定の金額の引継ぎに関する届出書の記載事項）、第二十四条の十二第一号（特別勘定を設けた場合の適格分割等に係る保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十五条第一号（適格分割等に係る交換により取得した資産の圧縮額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十五条の五第一号（貸倒実績率の特別な計算方法の承認申請書の記載事項）、第二十五条の六第一号（適格分割等により移転する金銭債権に係る期中貸倒引当金勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十五条の七第一号（返品率の特別な計算方法の承認申請書の記載事項）、第二十五条の八第一号（適格分割等により移転する対象事業に係る期中返品調整引当金勘定の金額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十六条の八第一号（短期売買商品の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の変更申請書の記載事項）、第二十七条の二第一号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の変更申請書の記載事項）、第二十七条の八第九項第一号（繰延ヘッジ処理）、第二十七条の十三第一号（外貨建資産等の期末換算の方法の変更申請書の記載事項）、第二十七条の十八第一号（適格分割等により引き継ぐ一括償却資産に係る期中損金経理額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十七条の十九第一号（適格分割等による一括償却資産の引継ぎに関する届出書の記載事項）、第二十八条の三第一号（適格分割等により引き継ぐ繰延消費税額等に係る期中損金経理額の損金算入に関する届出書の記載事項）、第二十八条の四第一号（適格分割等により移転する資産に係る繰延消費税額等の引継ぎに関する届出書の記載事項）並びに第二十九条の二第一号（適格分割等が行われた場合の特例の適用に関する届出書の記載事項）の規定は、この省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に提出する法人税法第四条の三第一項（連結納税の承認の申請）若しくは第四条の五第四項（連結納税の承認の取消し等）若しくは法人税法施行令第二十八条の二第二項（棚卸資産の特別な評価の方法）、第三十条第二項（棚卸資産の評価の方法の変更手続）（同令第百十八条の六第五項（短期売買商品の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法及びその選定の手続）において準用する場合を含む。以下この項において同じ。）、第四十八条の四第二項（減価償却資産の特別な償却の方法）、第四十九条第四項（取替資産に係る償却の方法の特例）、第五十条第二項（特別な償却率による償却の方法）、第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）、第五十七条第二項（耐用年数の短縮）、第六十一条の二第三項（堅ろうな建物等の償却限度額の特例）、第八十八条第一項（代替資産の取得に係る期限の延長の手続）、第九十七条第二項（貸倒実績率の特別な計算方法）、第百二条第二項（返品率の特別な計算方法）、第百十九条の六第二項（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の変更の手続）、第百二十一条の四第二項（繰延ヘッジ処理における特別な有効性判定方法等）若しくは第百二十二条の六第二項（外貨建資産等の期末換算の方法の変更の手続）の申請書、同法第四条の三第七項、第十四条第二項（みなし事業年度）、第三十一条第三項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）、第三十二条第三項若しくは第五項（繰延資産の償却費の計算及びその償却の方法）、第四十二条第七項（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第四十三条第七項若しくは第九項（国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入）、第四十四条第五項（特別勘定を設けた場合の国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第四十五条第七項（工事負担金で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第四十七条第七項（保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第四十八条第七項若しくは第九項（保険差益等に係る特別勘定の金額の損金算入）、第四十九条第五項（特別勘定を設けた場合の保険金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第五十条第六項（交換により取得した資産の圧縮額の損金算入）、第五十二条第七項（貸倒引当金）、第五十三条第五項（返品調整引当金）若しくは第六十九条第六項（外国税額の控除）若しくは同令第十四条の七第四項（連結納税の承認の申請手続等）、第六十条（通常の使用時間を超えて使用される機械及び装置の償却限度額の特例）、第百三十三条の二第三項若しくは第八項（一括償却資産の損金算入）若しくは第百三十九条の四第八項若しくは第十三項（資産に係る控除対象外消費税額等の損金算入）の書類又は同令第四十九条の二第二項（リース賃貸資産の償却の方法の特例）若しくは第五十七条第七項若しくは第八項の届出書について適用し、施行日前に提出した同法第四条の三第一項若しくは第四条の五第四項若しくは同令第二十八条の二第二項、第三十条第二項、第四十八条の四第二項、第四十九条第四項、第五十条第二項、第五十二条第二項、第五十七条第二項、第六十一条の二第三項、第八十八条第一項、第九十七条第二項、第百二条第二項、第百十九条の六第二項、第百二十一条の四第二項若しくは第百二十二条の六第二項の申請書、同法第四条の三第七項、第十四条第二項、第三十一条第三項、第三十二条第三項若しくは第五項、第四十二条第七項、第四十三条第七項若しくは第九項、第四十四条第五項、第四十五条第七項、第四十七条第七項、第四十八条第七項若しくは第九項、第四十九条第五項、第五十条第六項、第五十二条第七項、第五十三条第五項若しくは第六十九条第六項若しくは同令第十四条の七第四項、第六十条、第百三十三条の二第三項若しくは第八項若しくは第百三十九条の四第八項若しくは第十三項の書類又は同令第四十九条の二第二項若しくは第五十七条第七項若しくは第八項の届出書については、なお従前の例による。
新規則第三十一条第一項第一号（中間申告書の記載事項）、第三十二条第一項第一号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）及び第三十四条第一項第一号（確定申告書の記載事項）の規定は、施行日以後に開始する事業年度の中間申告書又は確定申告書（これらの申告書に係る修正申告書を含む。以下この項において同じ。）について適用し、施行日前に開始した事業年度の中間申告書又は確定申告書については、なお従前の例による。
新規則第三十六条第一号（確定申告書の提出期限の延長申請書の記載事項）、第三十六条の二第一号（確定申告書の提出期限の延長の特例の申請書の記載事項）、第三十六条の三第一号（確定申告書の提出期限の延長の特例の取りやめの届出書の記載事項）、第三十六条の四第一号（欠損金繰戻しの還付請求書の記載事項）、第三十七条第一項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）及び第三十七条の五第一号（適格分割等が行われた場合の特例の適用に関する届出書の記載事項）の規定は、施行日以後に提出する法人税法第七十五条第二項（確定申告書の提出期限の延長）若しくは第七十五条の二第二項（確定申告書の提出期限の延長の特例）の申請書、同条第五項の届出書、同法第八十条第五項（欠損金の繰戻しによる還付）の還付請求書、法人税法施行令第百五十五条の六第一項第二号（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の書類若しくは届出に係る書類又は同法第八十一条の十五第六項（連結事業年度における外国税額の控除）の書類について適用し、施行日前に提出した同法第七十五条第二項若しくは第七十五条の二第二項の申請書、同条第五項の届出書、同法第八十条第五項の還付請求書、同号の書類若しくは届出に係る書類又は同法第八十一条の十五第六項の書類については、なお従前の例による。
新規則第三十七条の八第一項第一号（連結中間申告書の記載事項）、第三十七条の九第一項第一号（仮決算をした場合の連結中間申告書の記載事項）及び第三十七条の十一第一項第一号（連結確定申告書の記載事項）の規定は、連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項において同じ。）が施行日以後に開始する連結事業年度の連結中間申告書又は連結確定申告書（これらの申告書に係る修正申告書を含む。以下この項において同じ。）について適用し、連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結中間申告書又は連結確定申告書については、なお従前の例による。
新規則第三十七条の十三第一号（連結確定申告書の提出期限の延長申請書の記載事項）、第三十七条の十四第一号（連結確定申告書の提出期限の延長の特例の申請書の記載事項）、第三十七条の十五第一号（連結確定申告書の提出期限の延長の特例の取りやめの届出書の記載事項）、第三十七条の十六第一号（個別帰属額等の届出の記載事項）、第五十二条第一号（青色申告承認申請書の記載事項）、第六十条第一号（青色申告の取りやめの届出書の記載事項）、第六十条の二第二項第一号（法令の規定による整理手続によらない負債整理計画の決定等）、第六十条の四第一項第一号及び第二項第一号（国内事業管理親法人株式の交付を受けた場合等に提出する書類の記載事項）並びに附則第七条第二項第一号（定型的な契約書による適格退職年金契約の届出書等の記載事項）の規定は、施行日以後に提出する法人税法第八十一条の二十三第二項（連結確定申告書の提出期限の延長）において準用する同法第七十五条第二項、同法第八十一条の二十四第二項（連結確定申告書の提出期限の延長の特例）において準用する同法第七十五条の二第二項若しくは同法第百二十二条第一項（青色申告の承認の申請）の申請書、同法第八十一条の二十四第二項において準用する同法第七十五条の二第五項若しくは同法第百二十八条（青色申告の取りやめ）若しくは法人税法施行令附則第十七条第七項（適格退職年金契約の承認）の届出書、同法第八十一条の二十五第一項（連結子法人の個別帰属額等の届出）若しくは同令第百八十八条第五項（外国法人の国内源泉所得に係る所得の金額の計算）の書類又は同法第百三十五条第六項（仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う法人税額の還付の特例）の還付請求書について適用し、施行日前に提出した同法第八十一条の二十三第二項において準用する同法第七十五条第二項、同法第八十一条の二十四第二項において準用する同法第七十五条の二第二項若しくは同法第百二十二条第一項の申請書、同法第八十一条の二十四第二項において準用する同法第七十五条の二第五項若しくは同法第百二十八条若しくは同令附則第十七条第七項の届出書、同法第八十一条の二十五第一項若しくは同令第百八十八条第五項の書類又は同法第百三十五条第六項の還付請求書については、なお従前の例による。
第二条の規定による改正後の法人税法施行規則の一部を改正する省令附則第五条第二項第一号（棚卸資産の評価の方法に関する経過措置）及び第八条（連結法人の棚卸資産の評価の方法に関する経過措置）の規定は、施行日以後に提出する法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十一年政令第百五号）附則第六条第十項（棚卸資産の評価の方法等に関する経過措置）（同令附則第十四条第二項（連結事業年度における棚卸資産の評価の方法に関する経過措置）において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の書類について適用し、施行日前に提出した同令附則第六条第十項の書類については、なお従前の例による。