この省令は、平成二十九年四月一日から施行する。 ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。 第一条の改正規定（「「株式交換完全親法人」を「「株式交換等完全子法人」、「株式交換完全親法人」、「株式交換等完全親法人」に改める部分、「第十二号の十八、第十三号」を「第十二号の十九」に改める部分及び「、株式交換完全親法人」を「、株式交換等完全子法人、株式交換完全親法人、株式交換等完全親法人」に改める部分に限る。）、第三条第一項第二号ハの改正規定、同条第二項の改正規定、同条第三項の改正規定（「同条第十二号の十六イ」を「同条第十二号の十七イ」に、「同条第十二号の十七イ」を「同条第十二号の十八イ」に改める部分に限る。）、第三条の二第一項の改正規定（「第十八項第五号及び第二十二項第五号」を「第二十項第五号及び第二十四項第五号」に改める部分を除く。）、同条第三項の改正規定（「同条第十八項第五号」を「同条第二十項第五号」に改め、「法第二条第十二号の六の六（定義）に規定する」を削る部分及び「第十八項第五号及び第二十二項第五号」を「第二十項第五号及び第二十四項第五号」に改める部分を除く。）、第二十五条の九（見出しを含む。）の改正規定（同条第三項中「消滅した債権の額」の下に「（令第七十一条の三第一項（確定した数の株式を交付する旨の定めに基づいて支給する給与に係る費用の額等）に規定する確定数給与にあつては、同項に規定する交付決議時価額）」を加え、「同項」を「令第百十一条の二第四項」に改める部分を除く。）、第二十六条の九第二号の改正規定（「適格株式交換」を「適格株式交換等」に改める部分に限る。）、同条第三号の改正規定、第二十七条の三第六号の改正規定、同条第十一号の改正規定、第三十五条第五号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）、第三十七条の十二第六号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）、第三十七条の十七第五号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）及び第六十一条の五第一号ニの改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）並びに附則第七条の規定 平成二十九年十月一日 第二十九条の三第一項の改正規定及び第三十七条の六第一項の改正規定 平成三十年四月一日
第一条の改正規定（「「株式交換完全親法人」を「「株式交換等完全子法人」、「株式交換完全親法人」、「株式交換等完全親法人」に改める部分、「第十二号の十八、第十三号」を「第十二号の十九」に改める部分及び「、株式交換完全親法人」を「、株式交換等完全子法人、株式交換完全親法人、株式交換等完全親法人」に改める部分に限る。）、第三条第一項第二号ハの改正規定、同条第二項の改正規定、同条第三項の改正規定（「同条第十二号の十六イ」を「同条第十二号の十七イ」に、「同条第十二号の十七イ」を「同条第十二号の十八イ」に改める部分に限る。）、第三条の二第一項の改正規定（「第十八項第五号及び第二十二項第五号」を「第二十項第五号及び第二十四項第五号」に改める部分を除く。）、同条第三項の改正規定（「同条第十八項第五号」を「同条第二十項第五号」に改め、「法第二条第十二号の六の六（定義）に規定する」を削る部分及び「第十八項第五号及び第二十二項第五号」を「第二十項第五号及び第二十四項第五号」に改める部分を除く。）、第二十五条の九（見出しを含む。）の改正規定（同条第三項中「消滅した債権の額」の下に「（令第七十一条の三第一項（確定した数の株式を交付する旨の定めに基づいて支給する給与に係る費用の額等）に規定する確定数給与にあつては、同項に規定する交付決議時価額）」を加え、「同項」を「令第百十一条の二第四項」に改める部分を除く。）、第二十六条の九第二号の改正規定（「適格株式交換」を「適格株式交換等」に改める部分に限る。）、同条第三号の改正規定、第二十七条の三第六号の改正規定、同条第十一号の改正規定、第三十五条第五号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）、第三十七条の十二第六号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）、第三十七条の十七第五号の改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）及び第六十一条の五第一号ニの改正規定（「第二条第十二号の六」を「第二条第十二号の五の二」に改める部分に限る。）並びに附則第七条の規定 平成二十九年十月一日
第二十九条の三第一項の改正規定及び第三十七条の六第一項の改正規定 平成三十年四月一日
この省令の施行の日（以下「施行日」という。）から平成二十九年九月三十日までの間におけるこの省令（前条各号に掲げる改正規定を除く。）による改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）第一条（定義）の規定の適用については、同条中「適格株式分配」、「株式交換等」、「適格株式交換等」とあるのは「適格株式分配」と、「第十二号の十七」とあるのは「第十二号の十五の三」と、「適格株式分配、株式交換等、適格株式交換等」とあるのは「適格株式分配」とする。
施行日から平成二十九年九月三十日までの間にその支給に係る決議（当該決議が行われない場合には、その支給）をする給与に係る新規則第二十二条の三（役員の給与等）の規定の適用については、同条第一項第三号中「株式若しくは新株予約権」とあるのは「株式」と、同号ロ中「特定譲渡制限付株式又は法第五十四条の二第一項（新株予約権を対価とする費用の帰属事業年度の特例等）に規定する特定新株予約権」とあるのは「特定譲渡制限付株式」と、同条第二項第三号中「株式若しくは新株予約権」とあるのは「株式」とする。
施行日から平成二十九年九月三十日までの間における新規則第二十五条の九（承継譲渡制限付株式に係る株式の保有関係等）の規定の適用については、同条第三項中「第百十一条の二第四項」とあるのは、「第百十一条の二第五項」とする。
新規則第六十三条（設立届出書の添付書類）、第六十四条（外国普通法人となった旨の届出に係る添付書類）並びに第六十五条第一項及び第二項（収益事業の開始等届出書の添付書類）の規定は、施行日以後に提出する法人税法第百四十八条第一項（内国普通法人等の設立の届出）、第百四十九条第一項若しくは第二項（外国普通法人となった旨の届出）又は第百五十条第一項若しくは第二項（公益法人等又は人格のない社団等の収益事業の開始等の届出）の届出書について適用し、施行日前に提出した同法第百四十八条第一項、第百四十九条第一項若しくは第二項又は第百五十条第一項若しくは第二項の届出書については、なお従前の例による。
改正前の法人税法施行規則に定める書式は、施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税（施行日前に納税義務が成立した中間申告書に係る法人税を含む。）の申告又は施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税（施行日前に納税義務が成立した連結中間申告書に係る法人税を含む。）の申告を行う場合において、所要の調整をして使用することができる。