この省令は、平成三十一年四月一日から施行する。 ただし、目次の改正規定（「の損金算入」を削る部分に限る。）及び第二編第一章第一節第十三款の款名の改正規定は、特別法人事業税及び特別法人事業譲与税に関する法律（平成三十一年法律第四号）の施行の日から施行する。
改正後の法人税法施行規則（以下「新規則」という。）第八条の規定は、法人（人格のない社団等を含む。以下同じ。）のこの省令の施行の日（以下「施行日」という。）以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新規則第二十六条の二第一項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、法人税法第五十七条第三項に規定する内国法人と施行日以後に開始する事業年度において当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなる同項の被合併法人との間で行われる同項の適格合併及び施行日以後に開始する事業年度において当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなる同項の他の内国法人の残余財産の確定について適用する。
新規則第二十七条の十五第一項（第五号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に行われる法人税法施行令第百二十三条の八第三項第四号に規定する特定適格組織再編成等について適用する。
新規則第六十三条から第六十五条まで（同条第二項を除く。）の規定は、施行日以後に提出する所得税法等の一部を改正する法律（平成三十一年法律第六号。以下「改正法」という。）第二条の規定による改正後の法人税法第百四十八条第一項、第百四十九条第一項若しくは第二項又は第百五十条第一項、第三項若しくは第四項の届出書について適用し、施行日前に提出した改正法第二条の規定による改正前の法人税法第百四十八条第一項、第百四十九条第一項若しくは第二項又は第百五十条第一項、第三項若しくは第四項の届出書については、なお従前の例による。