165-1
（年の中途で居住者が非居住者となった場合の税額の計算）
その年12月31日（その年の中途において死亡し又は出国をした場合には、その死亡又は出国の日）において非居住者である者でその年において居住者であった期間を有するもの（165-2において「居住者期間を有する非居住者」という。）に対して課する所得税の額は、法第165条第1項の規定により、法第102条《年の中途で非居住者が居住者となった場合の税額の計算》の規定に準じて計算することに留意する。
165-2
（居住者期間を有する非居住者に係る扶養親族等の判定の時期等）
居住者期間を有する非居住者につき法第165条第1項において準用される法第102条の規定により所得税の額を計算する場合に控除する法第79条（（障害者控除））から第84条の2（（特定親族特別控除））までに規定する控除額の計算の基礎となる扶養親族等の判定の時期等については、法第85条第1項（（扶養親族等の判定の時期等））に規定する「その年12月31日（その者がその年の中途において死亡し又は出国をする場合には、その死亡又は出国の時……）」とは、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に掲げる時をいうものとして、同条の規定を準用する。
（1） その者が通則法第117条第2項（（納税管理人））の規定による納税管理人の届出をして居住者でないこととなった場合 その年12月31日（その者がその年中に死亡したときは、その死亡の時）
（2） その者が同項の規定による納税管理人の届出をしないで居住者でないこととなった場合 その居住者でないこととなる時
（平28課2-4、課法11-8、課審5-5、令7課個2-10、課法12-5、課審5-10改正）
165-3
（複数の事業活動の拠点を有する場合の取扱い）
非居住者の事業活動の拠点が国内に複数ある場合には、複数の当該事業活動の拠点全体を一の恒久的施設として法第164条第1項第1号イ（（非居住者に対する課税の方法））に掲げる国内源泉所得（以下第165条関係において「恒久的施設帰属所得」という。）を認識し当該恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算を行うことに留意する。
165-4
（内部取引から生ずる恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算）
法第165条第2項第1号に規定する内部取引（以下第165条関係において「内部取引」という。）から生ずる恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算については、37-2、46-1、52-1から52-24まで及び60の4-1の取扱いを除き、前編第1章第1節第1款から第5款まで及び第7款の取扱いを準用する。
165-5
（必要経費の額等に算入できない保証料）
非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得若しくは雑所得又は一時所得の金額の計算上、恒久的施設とその事業場等（法第161条第2項に規定する事業場等をいう。以下第165条関係において同じ。）との間の資金の借入れに係る債務の保証に相当する事実に基づく保証料（これに準ずるものを含む。）の額は、必要経費の額又は支出した金額に算入することはできないことに留意する。
165-6
（国際海上運輸業における運送原価の計算）
95-13の取扱いは、国内及び国外にわたって船舶による運送の事業を営む非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得に係る事業所得又は雑所得の金額の計算上必要経費の額に算入される運送の原価の額の計算について準用する。
165-7
（必要経費の額に算入できない償却費等）
非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、法第162条第2項（（租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得））に規定する「租税条約（当該非居住者の同号に掲げる所得に対して租税を課することができる旨の定めのあるものに限るものとし、当該非居住者の恒久的施設と事業場等との間の同号に規定する内部取引から所得が生ずる旨の定めのあるものを除く。）の適用があるとき」には、恒久的施設とその事業場等との間の令第291条の2第2項第1号イからハまで（（租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得））に掲げるものの取得に相当する事実に基づく償却費等の額は、必要経費の額に算入することはできないことに留意する。
（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加、平30課個2-29、課法12-104、課審5-8改正）
165-8
（販売費等及び育成費等の必要経費算入）
非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、法第37条 （（必要経費））の規定に準じて計算する場合における法第165条第2項第1号の販売費等及び育成費等のうち内部取引に係るものは、別に定めるものを除き、次に掲げる要件の全てに該当することとなった日の属する年の年分の必要経費の額に算入する。
（1） その年12月31日（年の中途において死亡した場合には、その死亡の時。以下この項において同じ。）までに当該費用に係る注文等が行われていること。
（2） その年12月31日までに当該注文等に基づいてその事業場等から資産の引渡し又は役務提供等を受けていること。
（3） その年12月31日までにその金額を合理的に算定することができるものであること。
165-9
（事業税の取扱い）
恒久的施設を有する非居住者の事業税の額については、当該金額のうち恒久的施設帰属所得に係る不動産所得又は事業所得の金額に対応する部分の金額として合理的に計算された金額が、恒久的施設帰属所得に係る不動産所得又は事業所得の金額の計算上必要経費の額に算入されることに留意する。
165-10
（事業場配賦経費の配分の基礎となる費用の意義）
法第165条第2項第2号に規定する「非居住者の恒久的施設を通じて行う事業及びそれ以外の事業に共通する販売費等及び育成費等」とは、例えば、次に掲げる業務に関する費用のうち、恒久的施設を通じて行う事業とそれ以外の事業に共通する費用で、当該恒久的施設を有する非居住者の事業場等において行われる事業活動の重要な部分に関連しないものをいうことに留意する。
（1） 非居住者の営む業務全体に係る情報通信システムの運用、保守又は管理
（2） 非居住者の営む業務全体に係る会計業務、税務業務又は法務業務
165-11
（事業場配賦経費の計算）
恒久的施設を有する非居住者のその年における法第165条第2項第2号に規定する「共通する販売費等及び育成費等」の額（以下この項において「共通費用の額」という。）については、個々の業務ごと、かつ、個々の費目ごとに令第292条第3項（（恒久的施設帰属所得についての総合課税に係る所得税の課税標準等の計算））に規定する合理的と認められる基準により当該恒久的施設を通じて行う事業に配分するのであるが、全ての共通費用の額を一括して、当該非居住者のその年分の不動産所得に係る総収入金額、事業所得に係る総収入金額、山林所得に係る総収入金額又は雑所得に係る総収入金額のうちに当該恒久的施設を通じて行う事業に係る収入金額の合計額の占める割合を用いて恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上必要経費の額として配分すべき金額を計算して差し支えない。
（注） 共通費用の額には、内部取引に係るものは含まれないことに留意する。
165-12
（事業場配賦経費に含まれる減価償却費等）
法第165条第2項第2号の規定の適用上、恒久的施設を有する非居住者が、当該恒久的施設を通じて行う事業に係るものとして配分した金額のうちに減価償却資産に係る償却費の額が含まれている場合には、当該償却費の額につき当該非居住者の居住地国の所得税に相当する税（以下この項において「外国所得税」という。）に関する法令（当該外国所得税に関する法令が2以上ある場合には、そのうち主たる外国所得税に関する法令とする。）の規定の適用上認められている方法により計算しているときは、これを認める。ただし、当該償却費の額が当該減価償却資産の取得価額をその年分の償却費として償却する方法により計算されたものである場合には、当該償却費の額のうち法第49条（（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法））の規定の例によるものとした場合に必要経費の額に算入されることとなる金額を超える部分の金額については、この限りでない。 恒久的施設を通じて行う事業に係るものとして配分した金額のうちに繰延資産に係る償却費の額が含まれている場合の当該償却費の額の計算についても、同様とする。
165-13
（租税条約等により所得税が課されない所得の損失の金額）
外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の規定又は租税条約により所得税が課されないこととされている不動産所得、事業所得、山林所得又は譲渡所得について損失の金額が生じた場合においても、当該損失の金額は、法第165条第1項に規定する総合課税に係る所得税の課税標準の額の計算上なかったものとされることに留意する。
165-14
（恒久的施設に係る外貨建取引の円換算）
恒久的施設に係る外貨建取引（法第57条の3第1項（（外貨建取引の換算））に規定する外貨建取引をいう。）の円換算等については、57の3-1から57の3-5までの取扱いに準ずる。この場合において、当該恒久的施設を通じて行う事業に係るものとしてその事業場等から配分を受ける費用の額の円換算は、原則としてその年12月31日の電信売買相場の仲値によるが、当該恒久的施設を有する非居住者が当該費用の額の全部につき当該恒久的施設に係る会計帳簿に当該費用の額として計上する日の電信売買相場の仲値により円換算をしているときは、継続適用を条件として、これを認める。
（注） 57の3-2の（注）の1及び2は、本文の電信売買相場の仲値について準用する。
（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加、令7課個2-10、課法12-5、課審5-10改正）
165-15
（恒久的施設を有する非居住者の総合課税に係る所得税の課税標準の計算）
令第292条の6（（恒久的施設を有する非居住者の総合課税に係る所得税の課税標準の計算））の規定により各種所得ごとに所得の金額を計算する場合において、山林所得、譲渡所得又は一時所得で同条に規定する恒久的施設帰属所得に係るものと同条に規定するその他の国内源泉所得に係るものがあるときは、これらの所得に係る法第32条第4項（（山林所得））、第33条第4項（（譲渡所得））又は第34条第3項（（一時所得））に規定する特別控除額は、これらの所得をそれぞれ合算した所得につき計算することに留意する。
165の3-1
（恒久的施設に係る資産等の帳簿価額の平均的な残高の意義）
令第292条の3第1項第1号（（恒久的施設に帰せられるべき純資産に対応する負債の利子の必要経費不算入））に掲げる「その年の恒久的施設に係る資産の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」とは、例えば、恒久的施設に係る資産の帳簿価額の日々の平均残高又は各月末の平均残高等、その年を通じた恒久的施設に係る資産の帳簿価額の平均的な残高をいう。 同項第2号に掲げる「その年の恒久的施設に係る負債の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」、同条第3項第2号に規定する「その年の恒久的施設に帰せられる資産の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」及び同条第9項第2号に掲げる「その年の恒久的施設に帰せられる負債（……）の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」についても、同様とする。
（注） その年1月1日及び12月31日（その者がその年の中途において死亡した場合には、その死亡の時。以下165の3-3までにおいて同じ。）における恒久的施設に係る資産の帳簿価額の平均額、恒久的施設に係る負債の帳簿価額の平均額、恒久的施設に帰せられる資産の帳簿価額の平均額又は恒久的施設に帰せられる負債の帳簿価額の平均額は、本文の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額に該当しない。
165の3-2
（総資産の帳簿価額の平均的な残高及び総負債の帳簿価額の平均的な残高の意義）
令第292条の3第2項第1号イに掲げる「非居住者のその年の総資産の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」とは、例えば、総資産の帳簿価額の日々の平均残高又は各月末の平均残高等、その年を通じた総資産の帳簿価額の平均的な残高をいう。 同号ロに掲げる「非居住者のその年の総負債の帳簿価額の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額」についても、同様とする。
（注） 1 その年1月1日及び12月31日における総資産の帳簿価額の平均額又は総負債の帳簿価額の平均額は、本文の平均的な残高として合理的な方法により計算した金額に該当しない。 2 本文の平均残高を計算する場合において、日々の平均残高によるときは当該日々の電信売買相場の仲値により換算した円換算額により、各月末の平均残高によるときは当該各月末の電信売買相場の仲値により換算した円換算額により、それぞれ計算することに留意する。
165の3-3
（発生し得る危険を勘案して計算した金額の円換算）
令第292条の3第2項第1号ニに掲げる「非居住者のその年12月31日における総資産の額について、発生し得る危険を勘案して計算した金額」は、当該計算により算出した外国通貨表示の金額をその年12月31日（同条第4項の規定の適用がある場合には、同項に規定する一定の日）における電信売買相場の仲値により換算した円換算額による。
165の3-4
（恒久的施設に帰せられる資産の意義）
非居住者の有する資産が令第292条の3第2項及び第3項に規定する「恒久的施設に帰せられる資産」に該当するか否かの判定については、次に掲げる資産はおおむね次に定めるところによる。
（1） 有形資産（棚卸資産及び161-11に定める固定資産をいう。以下この項において同じ。）有形資産を恒久的施設において使用する場合には、当該有形資産は当該恒久的施設に帰せられる。
（2） 無形資産（161-11に定める無形資産をいう。以下この項において同じ。）無形資産の内容に応じて、恒久的施設が当該無形資産の開発若しくは取得に係るリスクの引受け又は当該無形資産に係るリスクの管理に関する人的機能を果たす場合には、当該無形資産は当該恒久的施設に帰せられる。
（3） 金融資産（法人税基本通達20-5-21の（3）に規定する金融資産をいう。以下この項において同じ。）恒久的施設を通じて行う事業の内容及び金融資産の内容に応じて、当該恒久的施設が当該金融資産に係る信用リスク、市場リスク等のリスクの引受け又はこれらのリスクの管理に関する人的機能を果たす場合には、当該金融資産は当該恒久的施設に帰せられる。
165の3-5
（比較対象者の純資産の額の意義）
令第292条の3第2項第2号イに掲げる「貸借対照表に計上されている当該比較対象者の純資産の額」とは、当該比較対象者の貸借対照表に計上されている総資産の帳簿価額から総負債の帳簿価額を控除した金額をいい、当該比較対象者が非居住者である場合の同号イに掲げる「比較対象者である非居住者の恒久的施設に係る純資産の額」とは、当該非居住者の恒久的施設に係る貸借対照表に計上されている資産の額から負債の額を控除した金額をいうことに留意する。 同条第3項第2号イに掲げる「貸借対照表に計上されている純資産の額」及び「比較対象者である非居住者の恒久的施設に係る純資産の額」についても、同様とする。
165の3-6
（総資産の帳簿価額の円換算）
令第292条の3第3項第1号ロに掲げる「非居住者のその年12月31日において貸借対照表に計上されている総資産の帳簿価額」は、その年12月31日において貸借対照表に計上されている外国通貨表示の金額を同日の電信売買相場の仲値により換算した円換算額による。
165の3-7
（短期の前払利息）
非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、37-30の2によりその年分の必要経費の額に算入された前払利息の額は、法第165条の3第1項に規定する「その年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（……）の額」に含まれることに留意する。
165の3-8
（負債の利子の額の範囲）
法第165条の3第1項に規定する「負債の利子（……）の額」には、次に掲げるようなものが含まれることに留意する。
（1） 受取手形の手形金額と当該受取手形の割引による受領金額との差額を手形売却損として処理している場合の当該差額（手形に含まれる金利相当額を会計上別処理する方式を採用している場合には、手形売却損として帳簿上計上していない部分を含む。）
（2） 買掛金を手形によって支払った場合において、相手方に対して当該手形の割引料を負担したときにおけるその負担した割引料相当額
（3） 従業員預り金、営業保証金、敷金その他これらに準ずる預り金の利子の額
（4） 相互掛金契約により給付を受けた金額が掛け込むべき金額の合計額に満たない場合のその差額に相当する金額
165の3-9
（原価に算入した負債の利子の額）
非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、固定資産その他の資産の取得価額に含めた負債の利子の額又は繰延資産の額に含めた負債の利子の額であっても、その年に係るものは法第165条の3第1項に規定する「その年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（……）の額」に含まれることに留意する。
165の3-10
（原価に算入した負債の利子の額の調整）
法第165条の3第1項に規定する「その年の恒久的施設を通じて行う事業に係る負債の利子（……）の額」（以下この項において「負債の利子の額」という。）のうちに固定資産その他の資産の取得価額又は繰延資産の額（以下この項において「固定資産の取得価額等」という。）に含めたため直接その年の年分の必要経費の額に算入されていない部分の金額（以下この項において「原価算入額」という。）がある場合において、当該負債の利子の額のうちに同条第1項の規定により必要経費の額に算入されないこととなった金額（以下この項において「必要経費不算入額」という。）があるときは、その年の年分の確定申告書において、当該原価算入額のうち必要経費不算入額から成る部分の金額を限度として、その年12月31日における固定資産の取得価額等を減額することができる。この場合において、当該原価算入額のうち必要経費不算入額から成る部分の金額は、当該必要経費不算入額に、その年における当該負債の利子の額のうちに当該固定資産の取得価額等に含まれている負債の利子の額の占める割合を乗じた金額とすることができる。
165の4-1
（必要経費算入と税額控除との選択方法）
46-1の取扱いは、非居住者が法第165条の6（（非居住者に係る外国税額の控除））に規定する控除対象外国所得税の額につき同条又は法第138条第1項（（源泉徴収税額等の還付））の規定を受ける場合について準用する。
165の6-1
（非居住者に係る外国税額の控除）
恒久的施設を有する非居住者がその年において法第165条の6第1項に規定する外国所得税を納付することとなる場合の同条の規定の適用に当たっては、法第95条関係の取扱い（95-5から95-13まで、95-17及び95-27の取扱いを除く。）を準用する。
